Один из очагов беспорядков находился в Швейцарии. Еще тесть Максимилиана, Карл Смелый, чуть не потерпел поражение от швейцарцев: политическое положение в этой стране оставалось очень запутанным. Кантоны Ури, Швиц и Унтервальден намеревались восстать против империи и добиться свободы. Разногласия швейцарцев со Швабским союзом и тирольцами в будущем казались неизбежны; их не остановила бы даже вероятность серьезного конфликта с германским королем.
Максимилиан как раз участвовал в военном походе против Гельдерна, когда узнал о военных действиях, начавшихся в 1499 г. Но хотя он сразу отдал приказ о продвижении на юг, прошли недели, прежде чем с его стороны последовали какие-то действия. То, что он обнаружил в окрестностях Арльберга, стало для него убийственным потрясением! Объятый ужасом, в Глунсе он увидел горы мертвых тел, результат страшной бойни. Максимилиан замер перед навеки умолкнувшими павшими и поклялся жестоко отомстить швейцарцам. Но поход в Энгадин чуть было не привел к катастрофе. В Швейцарии, безгранично разгневанной немецким королем и его солдатами, каждый простой человек, каждый крестьянин, даже каждая женщина хватали все, что попадет под руку, защищая себя и свою родину. Вооруженные цепами, навозными вилами и мотыгами, швейцарцы нападали на людей Максимилиана, безжалостно убивая их, а по ночам скатывали на лагерь обломки скал и собственноручно поджигали собственные дома и дворы, прежде чем скрыться в густых лесных зарослях в горах. Борьба шла до поножовщины. Разгорелась «тотальная война» на рубеже между Средневековьем и Новым временем.
Сложившаяся ситуация поставила Максимилиана в тупик. День изо дня он отдавал приказы об отступлении; требовалось еще раз обдумать положение дел. Кроме того, швейцарские конфедераты между делом напали на швабов, почти беззащитных перед ними. С почти нечеловеческими усилиями Максимилиан поспешил в Швабию, где он опять стал свидетелем того, как имперское войско, солдат за солдатом, рассеивается под неубедительными предлогами. Сама честь короля оказалась под угрозой: он мог проиграть войну простым крестьянам. Положение швейцарцев, напротив, день ото дня становилось все более благоприятным, особенно когда после победы при Базеле в их руки попала вся походная казна.
Еще раз Максимилиан предпринял попытку набрать в Констанце войска. Но ни один швейцарский солдат не согласился снова выступить против соотечественников. Исключительный случай, когда любовь к родине пересилила давно ставшую поговоркой жадность швейцарцев к наживе!
