Маргарита знала: она не может навсегда остаться при дворе их католических величеств, хотя свекор и свекровь трогательно заботились о молодой вдове. Изабелла сделала все, стараясь удержать любимую невестку, и предоставила ей возможность ознакомиться со всеми областями государственного управления, начиная с правосудия и кончая финансовой деятельностью. После трагического события в Испании молодая вдова вернулась обратно в Нидерланды всесторонне образованной женщиной. Ни Максимилиан, ни Филипп Красивый не сомневались: Маргарита должна вскоре опять выйти замуж. Следующим женихом избрали молодого вдовца Филиберта Савойского, образцового мужчину. Маргарита влюбилась в него сразу по прибытии в Савойю. Пять лет продолжался необыкновенно счастливый брак. Маргарита, ко всеобщему благу, претворяла в жизнь теоретические знания в управлении государством; Филиберт предпочитал предаваться охотничьим забавам, а не заботиться о государственных делах. Но счастье не может продолжаться вечно: Филиберт умер так же внезапно, как и его шурин в Испании, но его смерть не вызвала предположений об убийстве.
Смерть любимого мужа означала для бездетной Маргариты огромную трагедию. Хотя Максимилиан сразу стал строить новые планы, предполагая заключить брак дочери с овдовевшим английским королем, Маргарита решительно отказалась выйти замуж. И в конце концов отцу пришлось уступить ее решению, так как Маргарита срочно понадобилась ему в Нидерландах. Он назначил ее наместницей, так как никто не смог бы лучше справиться с этой задачей: Маргарита родилась в Нидерландах и воспринималась населением как одна из них. Кроме того, Максимилиан признавал политический талант и опыт Маргариты, вызывающие всеобщее уважение. Но Маргариту ожидала еще одна большая задача: она с радостью приняла на себя роль воспитательницы осиротевших племянников и племянниц. Еще задолго до смерти Хуаны — а дожила она до глубокой старости — все ее дети, за исключением Фердинанда и родившейся позднее Катарины, оставались в Нидерландах и жили в Мехельне в доме тетки. Для трех девочек — Элеоноры, Изабеллы и Марии, — а также для Карла, будущего императора, время, проведенное здесь, осталось самым счастливым в жизни. Тетка с любовью заботилась о них и дала детям брата прекрасное образование. Дедушка Максимилиан тоже время от времени присматривал за порядком и провел много радостных часов в кругу внуков. Здесь, в Мехельне, он наконец обрел давно желанную семью.
