Фридрих III умер 19 августа 1493 г. в Линце. В свои семьдесят восемь лет он почти достиг библейского возраста и уже стал легендой. Многие из его подданных никогда не видели его лицо, в течение десятилетий он оставался в тени. Только в последние годы жизни Фридрих сделался на удивление активным, как будто судьба сына понуждала и его к действию. «Имперский ночной колпак» проснулся. Правда, его вторжение в Нидерланды было лишь последней вспышкой, сразу после этого он вернулся в крепость Линц, снова посвятив себя исследованиям. Странный тип, этот старый император, испытывавший двойственное отношение к динамичному сыну.
С одной стороны, он втайне восхищался современным образом мысли Максимилиана, с другой — между отцом и сыном часто возникали разногласия, не раз старый император отказывался встречаться с сыном. Прежде всего он категорически не принимал стремления Максимилиана к реформам, ставя на первое место сохранение старых традиций. В течение пятидесяти трех лет он держал в руках бразды правления империей и ни при каких обстоятельствах не хотел уступать их человеку, по всей видимости, готовому отбросить все старинное, как ненужный хлам. Состояние здоровья Фридриха III беспокоило не только его ближайшее окружение, император сам уже давно чувствовал боли при ходьбе и с беспокойством наблюдал, как изменялся цвет правой ноги до икры. Он спросил совета у врачей, те поставили смертельный диагноз — гангрена — больную ногу необходимо удалить. И это в возрасте семидесяти восьми лет! Мужественно, почти равнодушно император согласился на операцию. У него не оставалось выбора, если он не хотел медленно умирать ужасной смертью. Пятеро хирургов посоветовали старому императору одурманить себя вином. Но Фридрих отклонил совет почти с негодованием. Мастер Ханс Зуфф из Гёппингена и Хилариус из Пассау взяли на себя эту жестокую задачу и 8 июня 1493 г. ампутировали ему ногу; еще три хирурга крепко держали императора. Чудесным образом операционный шрам прекрасно зажил. Общее состояние больного также улучшалось день ото дня, и Фридрих спустя несколько недель смог лаконично заметить: у него только одно опасение — он войдет в историю как одноногий.
Жизнь старого императора, казалось, была вне опасности, но он решил устроить себе пост в день Вознесения Марии в августе. Врачи настойчиво отговаривали выздоравливающего, но Фридрих III, всю свою жизнь не любивший менять принятое решение, и на сей раз не поддался на уговоры. Когда пост закончился, он приказал подать дыню и с жадностью — так он был голоден — быстро проглотил ее. После этого император выпил несколько бокалов ледяной воды. Последствием этого глупого поступка стали жестокие колики. Начавшаяся лихорадка вызвала легкий апоплексический удар, а вскоре колокола в Линце известили о его смерти. Один из самых таинственных и противоречивых императоров дома Габсбургов навеки закрыл глаза. Соответственно обычаю тело забальзамировали и отправили в Вену, где только в декабре 1493 г. в кафедральном соборе Святого Стефана состоялись похороны.
