Тайная канцелярия была образована в феврале 1718 г. в Москве как временный следственный орган по делу царевича Алексея, однако после переезда в Петербург, где она разместилась в Петропавловской крепости, 20 марта этого же года была преобразована в постоянное ведомство. Поскольку следствие по делу царского сына было поручено П.А. Толстому, выманившему царевича из-за границы, костяк сотрудников нового учреждения составил небольшой штат помощников этого дипломата. Однако круг подозреваемых по делу царевича оказался достаточно широк, поэтому Петр укрепил руководство Тайной канцелярии своими доверенными лицами. Помимо Г.Г. Скорнякова-Писарева, ведшего следствие по делу матери Алексея, в него вошли гвардии майор А.И. Ушаков, приданный в помощь Толстому, и находившийся в Петербурге генерал И.И. Бутурлин, принявший в марте 1718 г. присланные из Москвы все бумаги по делу царевича. Эти четверо и составили руководство нового органа государственной безопасности.
В 1718–1720 гг. руководители Тайной канцелярии назывались «министрами», в начале 1720-х гг. – «судьями», иногда их именовали «инквизиторами». Формально все четверо «министров» были равны, однако главным среди них, безусловно, являлся П.А. Толстой. Помогавший им штат был весьма немногочислен: секретарь, 6 канцелярских служащих и необходимое количество заплечных дел мастеров. Тайная канцелярия стала первым в отечественной истории узкоспециализированным органом, целиком сосредоточившимся на вопросах политического сыска и ни на какие другие посторонние дела не отвлекавшимся.
С марта по август 1718 г. Тайная канцелярия занимается исключительно делом царевича Алексея, и на протяжении этого периода ее фактическим руководителем является сам Петр. Под его началом следствие было проведено достаточно быстро, широко и досконально. В беседе с Толстым царь сразу очертил круг подозреваемых: «Когда б не монахиня (насильно постриженная его первая жена Евдокия Лопухина. —
