В последний год своей жизни, в мае, святитель, отправляясь на родину, простился с паствой и сказал, что уже не вернется на кафедру. Он велел к осени устроить склеп для него в Троицком соборе. Возвращаясь из Прилук в Белгород, он опасно заболел в пути и через два месяца, 10 декабря 1754 года, скончался в селе Грайвороне. Когда родные святого, извещенные о его кончине, пришли с печальной вестью к его престарелому отцу, тот, прежде чем они заговорили, сказал: «Знаю, что вы пришли ко мне с известием о смерти сына моего Иоасафа. Но я это узнал прежде вас. 10 декабря вечером мне был голос: сын твой, святитель, скончался».
Денег после святого осталось 70 копеек медью, и консистория запрашивала Синод о средствах на погребение архиерея. До половины февраля тело почившего оставалось непогребённым в ожидании Переяславского епископа Иоанна (Козловича), задержанного разливом. И за этот срок оно не было тронуто тлением. Погребли святителя в посторонней по его воле гробнице в Троицком соборе. Через два года после его кончины несколько причетников, уверенные в праведности усопшего, тайком открыли гроб. Несмотря на сырость склепа, мощи святого, его одежда и самый гроб обретены были без всяких признаков тления. Слух об обретении мощей быстро распространился по России. К могиле святого стали собираться больные, и по молитвам к праведнику происходили многие исцеления.
В 1761 году скончалась императрица Елизавета. Престол перешел её племяннику - сыну Шлезвиг-Голштинского герцога Карлу-Петру-Ульриху, вызванному тёткой из Германии, присоединённому к Православной Церкви и переименованному в ПетраIIIФеодоровича. Но преобразовать наследника Российского престола в русского человека не удалось. В душе он оставался немцем и лютеранином. Православие, русский народ он не только не понимал, но и не любил. К тому же, достигнув зрелых лет, он оставался ребячлив и странен. Царственная тётка часто с горечью говорила о нём: «Племянник мой урод…», «проклятый племянник».
Воцарение этого «окраденного умом» любителя игр в оловянные солдатики не сулило Православной Церкви ничего доброго. Сразу по воцарении Пётр III заявил о своём намерении сократить число икон в православных церквах. Тогда же в беседе с Новгородским архиепископом Димитрием (Сеченовым) он выразил желание, чтобы русское духовенство брило бороды и одевалось в короткое платье, как одеваются немецкие пасторы. В своём дворце новоявленный император собирался построить лютеранскую молельню под тем предлогом, что она нужна для дворцовой прислуги, исповедовавшей протестантизм. Но архиепископ Димитрий заявил на это ему, что «русское духовенство скорее даст себя вовсе истребить, чем станет равнодушно и в молчании смотреть на такие нововведения». По свидетельству современников, за богослужением в придворной церкви Петр III обыкновенно, ко всеобщему соблазну, свободно разгулировал, вступал в беседы с иностранцами. О Православии он всегда высказывался с пренебрежением и даже презрительно.
