Впоследствии святой Иоасаф был назначен наместником Троице-Сергиевой Лавры. Три года стоял он во главе братии этой древней обители. За время своего настоятельства он много трудов положил на восстановление монастырских строений, разрушенных от большого пожара.
В 1748 году в Петропавловском соборе Петербурга состоялась хиротония святителя Иоасафа во епископа Белгородского. Вверенная его окормлению епархия была обширна: в её состав входили современные Курская и Харьковская епархии, в ней числилось 1060 церквей. Значительная часть духовенства была малограмотна. И новопоставленный архиерей без устали трудился над тем, чтобы поднять уровень образования клириков.
Объезжая епархию, Иоасаф экзаменовал священников: невежественных посылал доучиваться в Белгород, а вовсе безнадёжных отрешал от служения. Святитель строго наблюдал за тем, чтобы запасные Святые дары хранились с надлежащим благоговением. Однажды он остановился в доме священника, который был в отъезде. Оставшись один, святитель почувствовал необычный ужас. Он не мог уснуть. Рассматривая вещи, находившиеся в комнате, он нашел на полке бумагу, в которой были завернуты Святые Дары. Их присутствие в недолжном месте и смущало чуткую душу святого. Бережно положив Дары на стол, святой Иоасаф до утрени молился перед ними. Когда хозяин вернулся домой, святитель немедленно лишил его священного сана.
С подчиненным ему духовенством святитель Иоасаф был и требователен, и милостив. Он умел защитить клириков от произвола сильных мирских начальников. Был он щедрым благотворителем. Все доходы кафедры раздавал бедным. Нищие всегда имели к нему свободный доступ. Перед праздниками он через келейника посылал нуждавшимся деньги и платье. Келейник, сложив все у окна или на пороге, должен был постучать в стену, чтобы обратить внимание хозяина, и побыстрее уйти, оставаясь неузнанным. Когда келейник болел, святитель сам в одежде простолюдина ходил по городским улицам, разнося тайную милостыню.
Святитель Иоасаф был человеком болезненным и предчувствовал, что умрет рано. Он непрестанно памятовал о смерти и денно и нощно готовился к ней. По исходе всякого часа святитель творил составленную им молитву, которая и поныне называется молитвой святого Иоасафа Белгородского: «Буди благословен день и час, в онь же Господь мой Иисус Христос мене ради родился, распятие претерпе и смертию пострада. О, Господи Иисусе Христе Сыне Божий, в час смерти моея приими дух раба Твоего в странствии суща, молитвами Пречистыя Твоея Матери и всех святых Твоих, яко благословен еси во веки веков. Аминь!»
