Начались исповеднические страдания святителя. Его исключили из Синода и удалили в Тверь. По требованию Бирона запрещен был «Камень веры», а Феофан тем временем анонимно пустил в обращение свой «Молоток на Камень веры», в котором развязно глумился над личностью стойкого борца за Православие митрополита Стефана. Чтобы добиться ареста святителя Феофилакта, Феофан внушил немецкому правительству России, что существует «злодейская фракция» к которой он причислял всех ревнителей Православия и что «фракцию» эту для блага государства надо непременно открыть и истребить. Начались новые аресты. Схватили иеромонаха Иосифа (Решилова), архимандрита Иосифа (Маевского), архимандрита Маркелла (Радыщевского), грека Евфимия Колетти, которые хорошо знали архиепископа Феофилакта. Их обвинили в измене, пытали, добивались признания, а главное, требовали показаний против святителя Феофилакта. О том, как велись допросы в застенках, можно судить по такой записи, сделанной в тайной канцелярии: «Маевский поднят на дыбу и вожен по спицам 3-4 часа. А с подъема на дыбу и с вожения по спицам говорил то же, как выше показано, и в том утвердился. И по прошествии трех-четырех часов усмотрено по состоянию его, Маевского, что в себе слаб и более по спицам не вожен и с дыбы спущен».
В 1735 году взяли архиепископа Феофилакта. Его отвезли в канцелярию Бирона, где предъявили обвинение в оскорблении величества. Но обвиняемый твердо заявил, что ничего не замышлял против императрицы. Ему с угрозами велели присягнуть в этом. И он со словами: «Совесть меня ни в чем не зазирает», - исполнил затребованное от него. После допроса у Бирона один из судей святителя Новоспасский архимандрит Иларион, возвращаясь домой, был внезапно разбит параличом и мертвым вывалился из коляски, причем даже слуги его не заметили этого, а хватились о нем только дома, и вернувшись, нашли его бездыханным на дороге. В канцелярии Бирона стали пытать исповедника. Его били батогами, поднимали на дыбы. Три года тянулось следствие. Доведя узника до полумертвого состояния, его объявили лишенным сана и монашества и заключили в Петропавловскую крепость. Освобожден он был уже после смерти императрицы Анны. Едва живого страдальца привезли в его дом в Петербурге. Возле его постели собрались члены Синода и объявили ему о возвращении сана. Блаженная кончина исповедника последовала 6 мая 1741 года. Между тем, в самый разгар его исповеднических страданий, в 1736 году умер его главный мучитель архиепископ Феофан. В предсмертные минуты он, вероятно, сознавая глубину своего нравственного падения, вздыхал: «О главо, главо! Разуму упившись, куда ся преклонишь?».
