Осужденным архиереям не давали покоя и в местах заточения. За ними денно и нощно велась слежка. Феофан считал всего безопасней для себя сжить их со света. В 1731 года заведено было следствие о дружеском отношении митрополита Казанского Сильвестра к сосланному в Свияжский монастырь митрополиту Игнатию. Подслушаны были слова, сказанные в сердцах преосвященным Игнатием митрополиту Сильвестру об императрице: «Вот де лишили меня сана напрасно, а ей ли, бабе, архиерея судить». Взяли бумаги митрополита Сильвестра, и среди них обнаружили его заметки о неправославии Феофана, критические суждения, о петровских указах, о монастырских имениях. Тайная канцелярия приговорила перевести митрополита Игнатия в Никольско-Корельский монастырь в Архангельске, а митрополит Сильвестр, по постановлению Синода, был уволен на покой в Александро-Невский монастырь без права архиерейского служения, потом его лишили сана и заточили в Выборгскую крепость.
В Сибирь отправили и епископа Платона (Малиновского). Многие из архиереев уволены были со своих кафедр. Лишили кафедр архиереев: Досифея Курского, Илариона Черниговского, Варлаама Псковского.
Но главной заботой Феофана было устранение его давнего противника и обличителя архиепископа Феофилакта (Лопатинского). Святитель Феофилакт был родом из Малороссии, образование получил в Киеве, в 1704 года переехал в Москву, вскоре назначен был ректором Московской Академии. В свое время вместе с префектом Академии архимандритом Гедеоном (Вишневским) он обличал всесильного любимца Петра и ставленика на архиерейскую кафедру Феофана в неправославии.
В 1728 году, когда позиция Феофана пошатнулась, архиепископ Феофилакт решился опубликовать труд своего учителя митрополита Стефана «Камень веры», обличавший протестантские лжеучения, в склонности к которым сильно подозревали всегда Феофана. Вокруг книги вспыхнула богословская полемика. В Лейпциге появилась резко критическая рецензия на нее, подписанная именем вскоре скончавшегося немецкого богослова Буддея, но, по мнению современников, составленная самим Феофаном. Архиепископ Феофилакт выступил с «Ответом» на эту критику в защиту труда своего учителя. Он пытался переиздать книгу, но шел уже 1731 год - в стране свирепствовала бироновщина, и попытка напечатать книгу, направленную против протестантизма - вероисповедания большей части правителей России, была затеей неосуществимой и крайне опасной. Феофан не преминул воспользоваться этим шагом своего прямодушного и бесстрашного противника. Он прямо обратился в тайную канцелярию, доказывая там, что поступок архиепископа Феофилакта «вреден» государству.
