Как бы там ни было, в июне 1996 года Путин впервые появился в Кремле. У Бородина Путину поручили заниматься тем, чем он занимался всегда, – хозяйственной деятельностью, – российской недвижимостью за рубежом. С 1995 года на эту собственность – всего 715 объектов недвижимости с общей площадью в 550 тысяч квадратных метров – претендовали МИД, Министерство морского флота и другие. Доходы только от сдачи в аренду части этого имущества составляли, по некоторым подсчетам, порядка 10 миллионов долларов («Аргументы и Факты», 2000 год, №3). Бизнесмен Филипп Туровер, свидетель по «делу Березовского» и швейцарскому «делу Бородина», обвинял Путина в причастности к финансовым махинациям на посту заместителя управляющего делами президента РФ. «Новая газета» № 49 (27.12.1998-02.01.1999) цитировала показания Туровера в швейцарском суде так: «…когда он (Путин) приступил к так называемой классификации собственности бывшего СССР и КПСС за рубежом в 1997 году, тут же были созданы всевозможные подставные фирмы, АО и ООО. На эти структуры и оформлялась большая часть самой дорогой недвижимости и другие зарубежные активы. Таким образом, до государства зарубежная собственность дошла в весьма общипанном виде».
26 марта 1997 года Путин получил новое назначение – был назначен заместителем руководителя Администрации президента РФ – начальником Главного Контрольного Управления (ГКУ) президента РФ. Он сменил на этом посту Алексея Кудрина. По словам Путина, на этот пост его рекомендовал сам Кудрин. Кудрин же стал заместителем министра финансов РФ. Главное Контрольное Управление при Путине провело комплексную проверку «Росвооружения», что, в конце концов, привело к отставке его генерального директора Евгения Ананьева. Главное Контрольное Управление также обнаружило злоупотребления в ходе поставок российского оружия в Армению. И было обнаружено недофинансирование Вооруженных Сил РФ. ГКУ составило секретную бумагу о торговле оружием с Арменией, которую Путин направил министру обороны Игорю Родионову. Однако секретная бумага неожиданно оказалась у председателя Комитета Государственной Думы по обороне – Льва Рохлина, а затем у журналистов, – разразился скандал. (На карьере Путина, правда, этот скандал не отразился.) Когда в июле 1998 года Лев Рохлин был убит при до сих пор остающихся невыясненными точно обстоятельствах, некоторые журналисты связывали смерть Рохлина с этим скандалом вокруг бумаги Путина. Доказательств, впрочем, как всегда, не было обнаружено.
