Прокурор города Владимир Еременко направил Собчаку представление о «некорректно составленных договорах КВС и неверном оформлении некоторых лицензий». Председатель КВЭС Авен не стал опротестовывать лицензии, выданные петербургским КВС. Возможно, именно этим эпизодом объясняются отличные отношения президента Путина с финансовой группой «Альфа», возглавляемой Петром Авеном. Собчак не разрешил отстранить Путина. Тем не менее, заместитель Путина Аникин вынужден был уйти в отставку. А часть заключенных сделок были расторгнуты. По данным «Новой Газеты» фирмы, получившие от Путина лицензии на торговлю сырьем, всего получили 34 миллиона долларов комиссионных («Новая Газета» от 13-19 марта 2000 г.).
В 1992 году В.В. Путин был назначен заместителем мэра с сохранением поста председателя КВС. То есть был повышен в должности, а не отстранен. И за ним сохранили руководство прибыльным бизнесом: Комитетом внешних связей мэрии. В те годы Путин получил прозвище Серый Кардинал. Он консультировал Собчака по всем «внешним» вопросам, был его очень близким доверенным лицом. Все серьезные документы визировались сначала Путиным, а только затем Собчаком.
С1993 года Собчак начинает вести «международный» образ жизни и часто отлучается за рубеж. В его отсутствие именно Путин исполняет обязанности мэра.
Круг его компетентности был необычайно широк – дипломатические представительства, гостиницы, игорный бизнес, общественные объединения, кураторство над силовыми структурами и взаимодействие с армией, МВД, ФСК, прокуратурой, таможней. Путин также занимался всеми крупными инвестиционными проектами. В марте 1994 года он был назначен первым заместителем председателя городского правительства. И все же он сохраняет пост председателя Комитета внешних связей. Как медом, видимо, этот Комитет был намазан.
Петербургский период жизни Путина полон скандалов, в которые он попадал, но откуда выходил сухим. Одним из самых интересных, на мой взгляд, был эпизод, когда в 1991 году по просьбе Собчака и Путина руководство московской милиции провело несанкционированный обыск у бывшего помощника Собчака Юрия Шутова с целью изъятия магнитофонной записи разговора Собчака с резидентом французской разведки. В 1992 году на Шутова было совершено покушение, однако связать этот инцидент с именами Собчака или Путина никто не рискнул. С приходом к власти Владимира Владимировича Шутов был арестован и обвинен во множестве преступлений, в том числе чуть ли не во всех заказных убийствах в городе Санкт-Петербурге, и вот уже много лет находится за решеткой. По данным газеты «Версия» (17-23 августа 1999 года) материалы по несанкционированному обыску у Шутова в 1991 году хранятся (или, по крайней мере, хранились) у старшего следователя Управления по особо важным делам Генпрокуратуры РФ Ю.М. Ванюшина.
