Фактически только 26 ноября 1959 г. состоялось первое из 10 бросковых испытания макета ракеты с натурными стартовыми двигателями, в ходе которых выявились первые неприятности — флаттер, разрушение ракеты при отделении стартовиков… Летная отработка маршевого двигателя четырьмя пусками ракет без аппаратуры управления началась с июня 1960 г. С августа, так и не добившись устойчивой работы двигателя, приступили к осуществлению программных пусков ракет, оснащенных автопилотом, но без аппаратуры радиоуправления. До июня следующего года выполнили 32 таких пуска. Из них первые 16 ракет оснащались упрощенным автопилотом, не обеспечивающим управление по крену, и турбонасосным агрегатом без устройства регулирования расхода топлива. Из 26 пусков, выполненных до конца 1960 г., в шести ракета разрушилась в полете, в семи — не включился маршевый двигатель и только 12 были относительно успешными.
К лету 1960 г. были проведены и первые испытания упрощенных вариантов грушинской В-757 для комплекса С-75. С 23 января выполнили три пуска макетных образцов, с частично снаряженным газогенератором, без рулей и дестабилизаторов. В ходе этих испытаний проверили работу и отделение ускорителя, работу маршевого двигателя с достижением скоростей от 560 до 690 м/с. С 22 апреля начались автономные испытания ракеты, в ходе которых разработчики В-757 встретили ряд трудностей.
Учитывая задержки с отработкой ракет, Решением Военно-промышленной комиссии (ВПК) при СМ СССР от 2 февраля 1961 г. № 17 было предложено для скорейшей отработки наземных средств комплекса в мае провести пуски ракет В-750ВН комплекса С-75 с бортовой аппаратурой, аналогичной принятой для ракет ЗРК "Круг". На базе блока бортового радиоуправления и радиовизирования 1СБ7 от ракеты 3М8 было изготовлено 20 комплектов аппаратуры КРБ-9, пригодных для размещения на ракетах семейства В-750.
Однако в августе перейти к совместным испытаниям комплекса со штатной ракетой 3М8 не удалось — к этому времени первая станция наведения ракет еще находилась в стадии отладки, а второй образец — в состоянии поставки отдельных блоков. Тем не менее 24 сентября состоялся первый пуск доработанной ракеты В-750ВН в неподвижном луче СНР 1С32. Удручающие результаты показали необходимость доработки СНР.
В ходе первых летных испытаний проявился и помпаж прямоточного двигателя, который удовлетворительно работал только на малых углах атаки. Из-за недостаточной виброустойчивости аппаратуры помпаж приводил к нарушению прохождения команд и, как следствие, к потере управляемости ЗУР. На 31-ой секунде систематически исчезал сигнал ответчика. Это загадочное явление преодолели, переместив антенну с корпуса ракеты на стабилизатор. Трудности с вводом ракеты в луч СНР удалось устранить, разнеся по времени установку строба дальности от момента сброса ускорителей. По рекомендации комиссии коэффициент усиления разомкнутого контура управления снизили с 0,9 до 0,5, увеличив при этом вчетверо коэффициент усиления замкнутого контура. В 1961 г. первые 10 образцов 1СБ7 изготовил тульский завод "Арсенал".
