Папу проинформировали о поведении баронов и об их переходе на сторону Вельфов, и он сообщил, вероятно, канцлеру Вальтеру фон Пальяре при дворе в Палермо, что 20 ноября 1209 года предатели уговорили императора расширить империю за счет сицилийского королевства.
С ноября 1209 по ноябрь 1211 года Оттон IV продолжал готовиться к организации сильного войска и проведению переговоров с пизанцами о найме их флота с целью завоевания самого острова и изгнания короля Фридриха. В ноябре 1211 года Оттон IV перешел границу Королевства обеих Сицилии, разбил организованное папой сопротивление в районе Аверсы и победно прошел через Неаполь, Салерно, Бари и Тарент на южную оконечность Калабрии. Здесь он ожидал пизанский флот для натиска на островное королевство. В порту объятого страхом Палермо уже стояла галера, снаряженная для побега Гогенштауфена в Африку.
При вторжении Оттона IV в пределы сицилийского королевства папа Иннокентий III объявил об уже наложенном на Вельфа отлучении от церкви. О сильной уязвленности Иннокентия III свидетельствует его готовность пойти на отказ от рекуперации, дабы спасти Сицилию. Но Оттон IV оставил это без внимания: в свое время он наблюдал бессилие папского проклятия против располагающего достаточными военными средствами Филиппа Швабского. На протяжении истории германской империи роль папы часто недооценивалась.
Ведь речь шла не только об анафеме папы, но и о противостоянии курии, все время обдумывавшей и составлявшей планы, ничего не оставляя без внимания. Папская дипломатия развернула кипучую деятельность. 1 февраля 1210 года папа направил послание королю Филиппу Французскому, противнику английской короны и ее ставленника, короля Оттона IV. Король Филипп, старинный враг Вельфов, постарался организовать в Германии сопротивление императору среди князей. Деньги являлись здесь испытанным средством, и летописец Цезарий Гейстербахский осуждает германских князей: «Они стали непостоянными: за деньги, за любовь, из-за страха они сегодня клялись одному, а завтра — другому».
Негодование папы выразилось в словах, сказанных об Отто IV: «Меч, выкованный нами, наносит нам же тяжкие раны». Он прокричал на весь католический мир: «Мы сожалеем о том, что создали такого человека».
31 марта папа подтвердил отлучение императора от церкви. Одновременно он в качестве назидательного примера предал анафеме и каноника из Капуи, отважившегося читать мессу в присутствии отлученного императора.
