Оставаясь японским подданным и будучи буддийского вероисповедания, Ямагути решил поступить в Санкт-Петербургский университет, о чем и обратился с прошением на высочайшее имя. Разрешение' было дано при условии дополнительного испытания «из латинского языка в объеме гимназического курса». Испытание было произведено, ответы испытуемого «признаны удовлетворительными». Препятствий, казалось, больше нет. Но тут началась русско-японская война и вновь по инстанциям начали циркулировать бумаги.
Ректор университета засомневался: «Высочайшее повеление о разрешении зачислить Ямагути студентом Санкт-Петербургского университета вышло еще до конфликта России с Японией и перевести его в настоящее время без указаний на то высшего начальства я затрудняюсь во избежание могущих произойти недоразумений». Через два месяца министр народного просвещения 23 сентября 1904 года сообщает: «С высочайшего соизволения, я, по соглашению с Министерством иностранных дел, разрешаю ныне же зачислить японского подданного Ямагути в студенты факультета Восточных языков Санкт-Петербургского университета, с тем, однако же, условием, чтобы он не посещал университета до весенних экзаменов». Но это еще не все. Ямагути, что
бы стать студентом китайско-маньчжурско-монгольскогб разряда Восточного факультета, пришлось сделать следующее письменное заявление: «1904 года октября 7-го дня я, нижеподписавшийся, даю сию подписку в том, что во время пребывания в числе студентов или слушателей Императорского Санкт-Петербургского университета обязуюсь не только не принадлежать ни к какому тайному сообществу, но даже без разрешения на то, в каждом отдельном случае, ближайшего начальства не вступать и в дозволенные законом общества…».
В дальнейшем Ямагути перешел на китайско-японский разряд. Его учение затянулось, он получал длительные отпуска на родину, в Японию, «ввиду неудовлетворительного состояния здоровья». Наконец в сентябре 1911 года он был уволен из университета по собственной просьбе, не окончив курса. К тому времени он уже именовался Михаилом Иннокентьевичем Ямагу-ти-Синицыным.
«Июня 30-го дня 1906 года в Кяхтинской Воскресенской церкви был просвещен святым крещением японский подданный Моити Ямагути». При этом крестивший его протоиерей Милетий Куклин нарек его именем Михаил. Новоиспеченному Михаилу, студенту Петербургского университета, от роду было 24 года. И в Японию Ямагути вернулся, уже будучи православным, женатым на русской женщине Надежде.
