Шуйский начал стягивать из провинций войска, направлявшиеся в Елец на сборный пункт против Турции, и сосредотачивать их в Москве. В Москву были введены войска Новгородские и Псковские. Из владений Шуйского были вызваны служащие, из которых были составлены первые отряды недовольных. В заговор с Шуйским вошли кн. Голицын и Куракин. Шуйский действовал с согласия духовенства, в том числе митрополита Гермогена. Он упрекал царя за то, что он женится на иностранке-католичке и говорит, что если Марина не будет крещена по-православному обряду перед венчанием на царство, то брак их не будет признан церковью. Гермоген был удален из Москвы и отправлен в монастырь, а на его место был поставлен архиепископ Иосаф Коломенский. После соответствующей подготовки вооруженных сил, необходимых для переворота, Шуйский ночью собрал к себе бояр, купцов, сотников, пятидесятников, которым он и объявил: «О страшной опасности, которая грозил Москве от царя, преданного полякам». Шуйский открыто заявил, что он признал самозванца царем, только для того, чтобы освободиться от Годунова… «А теперь он оскверняет храмы Божьи, выгоняет священников из домов и отдает их иностранцам… Я для спасения веры православной готов на все, лишь бы вы мне помогли…»
Временем восстании была принята отлучка Димитрия для военных упражнений войск под Москвой. Готовя войска к военным действиям против Турции, Димитрием был сделан деревянный городок для военных упражнений, который должен был одной стороной, состоящей из иностранцев — защищаться, и другой, состоящей из русских — штурмовать. Эту предстоящую «потеху» заговорщики использовали в своих целях, распространяя слух, что царь хочет избавиться от русского боярства, решил его уничтожить, выводя его против вооруженных иноземцев, которым дан секретный приказ броситься на них и уничтожить. В ночь с 16 на 17 мая 1606 года отряды войск, привлеченных на сторону заговорщиков, заняли 12 ворот и не пропускали никого в Кремль, ни из Кремля. Немцам (100 человек), составлявшим охрану Димитрия, Шуйский именем царя приказал разойтись по домам, и во дворце остались лишь 30 стрельцов, составивших единственную его охрану, под начальством головы Басманова. Около 12 часов ночи ударили в колокол на Ильинке у Ильи Пророка, после чего заговорили колокола во всех церквях. Народ двинулся на Красную площадь, там на конях уже собрались бояре и дворяне, числом до 200, Шуйский, имея в одной руке крест, в другой меч. Подъехав к Успенскому собору, он приложился к образу Богородицы и сказал окружающим: «Во имя Божие идите на злого еретика». Толпа двинулась ко дворцу.
