Высокий уровень шума в кабинах СНР способствовал быстрой утомляемости операторов и боевого расчета. Большая зона падения стартовых ускорителей, расположенная на удалении от 2 до 5,4 км от пусковой установки, ставила дополнительные ограничения при выборе позиций для размещения огневых дивизионов в густонаселенных районах страны.
Форсированное по срокам проведение Государственных испытаний не позволило провести проверку работы комплекса при предельно допустимых (по техническому заданию) температурах эксплуатации; не были проведены испытания комплекса на длительное хранение.
Ряд особенностей средств комплекса затруднял его эксплуатацию в войсках. При проведении регламентных работ требовалось вскрытие всех лючков на ракете. Использование в двигателе трех компонентов топлива, включая ОТ-155, усложняло процесс заправки. При температуре окружающей среды более +40 °C требовалось устанавливать тент над стартовым ускорителем. Радиовзрыватель «Шмель» имел малую помехозащищенность, а у бортовой аппаратуры ФР-15А не хватало мощности при работе в восьми частотных каналах. Кроме того, выявилась опасность самозапуска ЖРД из-за несовершенства конструкции кабельной сети.
К началу апреля 1958 г. проявилось и низкое качество поступавших в войска станций наведения РСНА-75, выпускаемых заводом № 304 МСНХ, кабин ПА, изготавливаемых заводом № 710 МОСНХ и заводом № 706 МСП, а также ряд других неполадок.
Для контроля работоспособности аппаратуры и проведения тренировок боевых расчетов в комплект аппаратуры станций наведения ракет была дополнительно введена аппаратура проверки функционирования, обеспечивавшая контроль включая и проведение "электронного выстрела". Радиолокационная часть СНР проверялась контрольной аппаратурой и по отражению сигнала от «контрольного» местного предмета в режиме излучения в пространство.
Но в целом, выявленные недостатки не носили решающего значения. Поэтому с 1958 г. комплексы СА-75 поставлялись в войска в массовом количестве и вскоре стали основным оружием Войск ПВО страны.
За создание первой перевозимой системы зенитного управляемого ракетного оружия Ленинской премии были удостоены создатели наземных средств системы: К.С. Альперович, Ю.Н. Афанасьев, Г.Ф. Добровольский, Е.Г. Зелкин, Б.С. Коробов, В.Н. Кузьмин, Ф.В. Лукин, А.В. Пивоваров, А.А. Расплетин, Н.В. Семаков, В.Е. Черномордик, создатели зенитной управляемой ракеты: Г.Е. Болотов, Р.С. Буданов, Е.С. Иофинов, А.М. Исаев, П.М. Кириллов, Ю.Ф. Красонтович, Ф.С. Кулешов, А.Н. Садеков, Н.И. Степанов, Б.А. Челышев. Б.В. Бункину и П.Д. Грушину было присвоено звание Героя Социалистического Труда. Возглавляемое П.Д.Грушиным ОКБ-2 ГКАТ было награждено орденом Ленина.
