После ухода с политической арены Алихан-Тюре (он был арестован советскими органами безопасности, вывезен в СССР и до своей смерти в 1976 году жил в Ташкенте, где написал книгу о пророке Мухаммеде) Временное правительство было реорганизовано, к власти пришли просоветские группы. Армия республики, насчитывавшая около 30 тысяч человек, находилась под советским контролем. В 1944-1946 гг. в Синьцзяне действовала оперативная группа наркомата госбезопасности СССР во главе с начальником отдела специальных заданий генерал-майором Владимиром Егнаровым, его заместителем был начальник 4-го отдела 1-го (разведывательного) управления НКГБ генерал-лейтенант Александр Лангфанг.
** *
Именно в этом неспокойном районе в 1946 году специальным решением Сталина Эйтингону было поручено проведение операции по оказанию помощи органам безопасности Компартии Китая в подавлении сепаратистского движения уйгуров, которых финансировали и снабжали оружием гоминьдановцы и английская разведка.
Совместно с китайскими коммунистами были образованы диверсионные группы под общим командованием сотрудника разведки Героя Советского Союза полковника Николая Прокопюка. Деятельность советских спецслужб по организации противодействия мятежникам успешно завершилась, К 1949 году уйгурские сепаратисты потерпели поражение.
Эйтингон к началу 1947 года вернулся в Москву.
В Синьцзяне дальнейшие события развивались следующим образом.
К середине 1949 года, к моменту вооруженной победы китайских коммунистов в гражданской войне, позиция СССР изменилась. Москва опасалась создания в Синьцзяне исламского государства, под влиянием Англии и США. Еще ранее под давлением СССР руководство ВТР было вынуждено пойти на соглашение с Мао Цзэдуном, который, как и все лидеры КПК, был противником независимого Синцзяна и допускал лишь его автономию. Тем не менее политические силы, выступавшие за суверенный Восточный Туркестан, сохраняли влияние.
В ходе переговоров было принято решение о направлении делегации Синьцзяна на заседание Политического консультативного совета для обсуждения и принятия совместной программы. Выехавшая для участия в конференции в Пекине 27 августа 1949 года из Кульджи в Алма-Ату возглавляемая бывшим президентом ВТР, заместителем председателя коалиционного правительства Ахметжаном Касими (имеются данные о его пребывании в тюремном заключении в СССР в конце 1930-х годах, после чего он был завербован НКВД и переправлен в Синьцзян) делегация Синьцзяна погибла в авиационном катастрофе на самолете ИЛ-12 в районе Иркутска. В делешцию также входили генералы Исхак-бек и Далель-хан, бывший вице-президент ВТР Абдукерим Аббасов (по мнению уйгурских историков, сотрудник советской разведки под псевдонимом «Иран»), переводчик А. Иминов. адъютант Г. Керимов. племянник Касими и советский вице-консул в Кульдже Василий Борисов, которого уйгурские историки считают резидентом НКВД в Синьцзяне. Существует версия, принятая некоторыми уйгурскими историками, что на самом деле члены делегации были доставлены в Москву и там убиты.
