Структура нового управления была следующей:
4 УПРАВЛЕНИЕ НКВД (ИЗ чел. по штату) Руководство Секретариат Финансовая группа Информационно-учетное отделение ОТДЕЛ (зарубежный)
Руководство
Секретариат
1отделение (Европейское)
2отделение (Африка, Дальний Восток)
3отделение (Ближний Восток, Турция, Иран, Афганистан, арабские страны, Средняя Азия. Закавказье)
4отделение (работа по военнопленным и интернированным)
2ОТДЕЛ (территории СССР, оккупированные и угрожаемые противником)
Руководство
Секретариат
1отделение (г. Москва и Московская область)
2отделение (УССР. Молдавская ССР, Крымская АССР)
3отделение (БССР)
4отделение (области РСФСР, Карело-Финская ССР)
5отделение (Литва)
6отделение (Латвия)
7отделение (Эстония)
8отделение (вербовка спецагентуры из числа з/к лагерей)
9отделение (учетное)
3ОТДЕЛ
Руководство
Секретариат
1отделение (технической подготовки)
2отделение (оперативное)
3отделение (материально-технического снабжения)
1 и 2 отряды взрывников
4ОТДЕЛ
Руководство
Секретариат
1отделение («Д»)
2отделение («ТН»)
3отделение (подготовки)
4отделение (материально-техническое)
ОТДЕЛЬНАЯ РОТА САПЕРОВ
ШТАБ ИСТРЕБИТЕЛЬНЫХ БАТАЛЬОНОВ И ПАРТИЗАНСКИХ ОТРЯДОВ (15 чел)
Руководство
1отделение (истребительные батальоны)
2отделение (партизанские отряды).,
Эйтингон сыграл ведущую роль в проведении ставших легендарными оперативных радиоигр против немецкой разведки, которые получили названия «Монастырь» и «Березино». Разработкой оперативной игры занимались комиссар госбезопасности 3-го ранга Павел Судоплатов, комиссар госбезопасности Наум Эйтингон, подполковник Михаил Маклярский и начальник отдела 3-го (секретно-политического) управления НКВД комиссар госбезопасности Виктор Ильин. Центральной фигурой операции «Монастырь» был Александр Демьянов – агент советской контрразведки «Гейне», в архивах абвера значившийся как «Макс». Выходец из дворянской семьи, сын казачьего есаула, племянник начальника контрразведки белого генерала Упагая, в юношеские годы живший
за границей, с момента своего начавшегося в 1929 году сотрудничества с ОГПУ он имел более чем десятилетний стаж агентурной деятельности.
Согласно плану операции, нужно было довести до немецкого разведцентра дезинформацию о якобы существующей в Москве антисоветской церковно-монархической организации «Престол». Лидером легендируемого «Престола» был «назначен» известный до революции поэт Борис Садовский, которого чекисты использовали «втемную». Происходя из знатного дворянского рода, он, по легенде, враждебно относился к советской власти и пытался выйти на связь с фашистами, призывая Гитлера восстановить русское самодержавие. В июле 1941 года Садовский, больной и почти без средств к существованию, жил в московском Новодевичьем монастыре. НКВД организовал личные встречи Садовского с Демьяновым и другими своими агентами, якобы поддерживающими антисоветские идеи.
