К этому времени линия фронта подошла к Гомелю.
В октябре 1919 года во время так называемой «партийной недели», проводимой в период наступления войск белогвардейцев и интервентов, когда, по словам авторов отчета ЦК РКП (б) IX съезду партии, партбилет «означал… кандидатуру на деникинскую виселицу», Наум Эйтингон становится членом большевистской партии и бойцом партийного отряда, участвуя в охране подступов к Гомелю. В конце 1919 года, когда наступление войск польского генерала Галлера было отбито, он снова вернулся на свою прежнюю работу – инструктором по кооперации, одновременно работая инструктором и по профсоюзной
работе, занимаясь организацией профсоюзных организаций в губернии.
В мае 1920 года заканчивается хозяйственный и профсоюзный период работы Эйтингона. По путевке Гомельского губкома РКП (б) он становится уполномоченным Особого отдела Гомельского укрепленного района. Со службы в военной контрразведке началась служба Эйтингона в органах государственной безопасности, продолжавшаяся более 30 лет.
Структура и функции особых отделов ЧК в период гражданской войны значительно отличались от последующих времен.
После сложных ведомственных конфликтов между ВЧК и военным ведомством, продолжавшихся практически весь 1918 год, в январе 1919 года на базе органов военного контроля, подчинявшихся ранее Реввоенсовету республики, и ЧК армий и фронтов, подчинявшихся Военному отделу ВЧК, был образован Особый отдел ВЧК во главе с чекистом Михаилом Кедровым, назначенным на этот пост по соглашению между ВЧК и РВСР.
6 февраля 1919 года Всероссийский центральный исполнительный комитет (ВЦИК) утвердил «Положение об Особом отделе ВЧК и его местных органах», которым устанавливалось, что Отдел работает под контролем РВСР и выполняет его задания, заведующим назначается член Коллегии ВЧК по согласованию с РВС. Положением вводились следующие подразделения: Особый отдел ВЧК, Особые отделы фронта, армии, Особое отделение дивизии и особые отделы губернских ЧК, которые должны были выполнять задания губернских военкоматов. С марта
1919года существовали отряды особого назначения при Особых отделах ЧК.
Значение особых отделов возросло летом 1919 года в период наступления белых армий и войск Антанты.
В отличие от других органов ЧК особые отделы значительно шире стали использовать осведомителей, внутреннюю агентуру и другие негласные средства контрразведывательной работы. Внутриведомственная инструкция рекомендовала особистам вербовать осведомителей в частях и штабах Красной армии, учреждениях, предприятиях, на железных дорогах, продовольственных и прочих имевших оборонное значение организациях. Служба внутренней агентуры состояла из секретных сотрудников, завербованных из среды противника, и агентов внутреннего наблюдения из числа кадровых особистов, которые тайно внедрялись в крупные штабы Красной армии, центральные государственные учреждения, иностранные представительства и т. п.
