Когда настоятельская должность введет тебя в тесное общение с другими жизнями, с другими душами, и они раскроют перед тобою все скорби, все немощи, все страдания человечества, боримого страстями, человечества, находящегося в слепоте неведения, и ты не только внешней помощью, но внутренним чувством войдешь в сочувствие к ближнему, удовлетворяя его немощи, а иногда отстаивая чистоту души его как собственную, ты будешь вызвана не только научить, но обличить, огорчить, наказать. И когда скорби ближнего тебе станут больны как свои, тогда ты можешь уйти в затвор. Ты понесешь туда с собою любовь к ближнему, и эта любовь будет наполнять собственную твою жизнь, а молитва твоя будет молитвой за весь страждущий род человеческий. Убеждая тебя принять игуменство, я призываю тебя не на честь, а на великий подвиг борьбы, труда над собственною душою и над душами сестер. Если ты откажешься вступить на этот путь, то ты откажешься от данного тебе Господом средства к собственному очищению и пути, ведущего тебя к совершенству. Эти годы уединенного безмолвия, эта жизнь со мною, эти постоянные беседы духовные не были ли посланы тебе как приготовление к готовящемуся тебе подвигу? И можешь ли ты теперь, имеешь ли право отказаться вступить на новый подвиг труда и борьбы?"
Убежденная такими доводами старицы, матушка Арсения с душою, полною мужества и готовности к новому подвигу, приняла предлагаемую ей должность 3-го января 1864 года, на 31-м году своей жизни она была посвящена в сан игумении архиепископом Иоанном в Новочеркасске.
Несмотря на всю готовность потрудиться в настоятельской должности, для матери Игумении Арсении переход от жизни уединенной к деятельности общественной был очень тяжел. Новые условия жизни предъявляли свои права: она чувствовала, точно поток какой-то увлекает ее в иную жизнь. Она боялась, что он унесет ее далеко и невозвратно от дорогого для нее безмолвия, и потому всеми силами души старалась держаться возле схимницы Ардалионы, которую упросила перейти жить с нею в игуменский дом. Схимница, видя часто ее взволнованной, говорила ей: "Ты не можешь свободно действовать в том мире, где ты видишь, что меня уж нет, потому что боишься отклониться от меня и моей жизни. Я же вижу, что хотя поддерживаю твой дух, но мешаю тебе жить. А что мешает нам на пути, от того надо отрекаться, хотя это будет единодушный друг, или даже наставник".
Схимница не могла долго ужиться в игуменском доме и стала просить мать игумению отпустить ее в затвор. Для этого матушка начала строить ей на средства своей родной сестры, Аграфены Михайловны Мержановой, небольшую келлию в монастырском саду. Но не успели окончить постройку, как Господь призвал схимницу в иной мир. Сильно, до болезни, скорбела мать Арсения о потере духовной матери, тем более что умерла она в ее отсутствие, когда матушка ездила навестить отца своего. Казначея монастыря, матушка Валерия, распорядилась похоронить схимницу, не дожидаясь возвращения матушки, чем еще более усилила ее скорбь.
