Осенью 1940 г. на них перебрасывали к границе с Сомали южноафриканских солдат. Затем, уже в составе 50-й эскадрильи, «юнкерсы» обеспечивали снабжение продвигавшихся к северу войск и вывозили раненых. Они же периодически совершали рейсы в Южную Африку и Египет. В 1942 г. эскадрилью перевооружили американскими С-47.
В октябре 1940 г. Муссолини попросил помощи у Гитлера. Ему нужны были самолеты для переброски войск в Албанию. Италия, которой в то время принадлежала Албания, использовала ее как плацдарм для нападения на Грецию. Но греки не только отразили атаку, но и сами предприняли наступление. Фюрер пришел на помощь незадачливому союзнику.
Одну группу «юнкерсов» (53 машины) отправили в Фоджию на востоке Италии. С 9 декабря оттуда немецкие самолеты начали летать в Тирану. За 50 дней они перевезли 30 000 солдат и 4700 т груза. Обратными рейсами доставили 8346 раненых.
Поскольку полеты совершались вдали от фронта, потерь немцы не имели.
Немецкие транспортные самолеты вернулись в Средиземноморье в начале 1941 г. С февраля они стали осуществлять перевозки в Ливию для Африканского корпуса Роммеля. Группу Ju 52/3m разместили на аэродроме Комизо на Сицилии. Самолеты делали до трех рейсов в день, при этом экипажи находились в воздухе до 12 часов. Ежедневно через Средиземное море доставлялось до 1000 человек и 25 т грузов. Английские истребители усердно охотились за неторопливыми транспортниками, и немцы постоянно несли значительные потери.
6 апреля 1941 г. Германия напала на Югославию и Грецию. При подготовке к этой кампании сформировали три новые транспортные группы. Их вместе с другими частями сосредоточили в Пловдиве (Болгария), объединив в XI авиакорпус. Оттуда часть самолетов перелетела в Лариссу в северной части Греции, уже захваченную немцами. Там дозаправились и взяли на борт десант.
Ставилась задача захватить мост через Коринфский канал. В операции участвовали шесть буксировщиков с планерами и 40 «юнкерсов» с парашютистами. Десант на парашютах захватил окружающие высоты и занял оборону. Планеристы должны были взять сам мост. Один из планеров врезался в устой и разбился; остальные сели благополучно. Десантникам удалось разоружить охрану, но по мосту открыла огонь английская батарея. Снаряд попал в заложенную в опоре взрывчатку, и мост взлетел на воздух.
Самой крупной воздушно-десантной операцией, осуществленной немцами во Второй мировой войне, безусловно, являлась оккупация о. Крит. Для этой цели собрали десять транспортных групп плюс отдельную эскадрилью буксировщиков планеров (тоже на Ju 52/3m) — в общей сложности 493 исправные машины.
