Как уже было сказано выше, после поражения А. Собчака на выборах губернатора Владимир Путин получил предложение остаться на работе в Санкт-Петербурге, но он не считал возможным оставаться и работать с новым губернатором Владимиром Яковлевым. В июле 1996 года уже после выборов президента В. Путин окончательно покинул свой кабинет в Смольном. Вместе с семьей он перебрался на дачу, которую строил несколько лет. Анатолий Собчак уверял Путина, что он человек «нужный всем, и его обязательно позовут». Сам А. Собчак говорил о своем бывшем заме с министром иностранных дел РФ Евгением Примаковым и просил направить В. Путина послом в одну из крупных стран. Однако никакого предложения о работе в МИДе Путин не получил.
Владимир Владимирович не был тогда публичным политиком, и публика о нем ничего не знала. Но в административных органах в Москве хорошо знали В. Путина как способного и умелого чиновника. Первое предложение о работе в администрации президента пришло к Путину от Павла Бородина, который тогда занимал пост управляющего делами президента. Главой администрации в Кремле тогда являлся Николай Егоров, который вызвал В. Путина в Москву и предложил стать его заместителем. Путин согласился: «Хорошо. Что мне делать?» Н. Егоров ответил: «Лети домой, в Питер. Подпишет Ельцин указ, и мы тебя вызовем». Однако через несколько дней Николай Егоров был снят со своего поста, а руководителем администрации стал Анатолий Чубайс. Он просто ликвидировал ту должность, которую предлагали занять В. Путину.
В августе — сентябре 1996 года происходило обычное после выборов президента формирование органов власти, и немалое число «питерцев» уже перешло на работу в Москву. Алексей Кудрин занял пост начальника Главного контрольного управления, Алексей Большаков — пост вице-премьера. Эти два человека и помогли В. Путину получить новое назначение. В конце августа 1996 года Владимир Путин занял пост заместителя управделами президента, то есть заместителя Павла Бородина. В. Путину было поручено руководить работой Юридического управления и Управления российской загрансобственностью.
Новый кабинет Владимира Владимировича Путина находился на Старой площади в здании бывшего ЦК КПСС. Однако Путин занимал этот кабинет недолго. В марте 1997 года Алексей Кудрин был переведен на пост заместителя министра финансов РФ, а Владимир Путин занял его пост начальника Главного контрольного управления Президента РФ. Анатолий Чубайс в эти же дни был назначен на пост министра финансов РФ, а новым руководителем администрации в Кремле стал Валентин Юмашев.
