В 1867 году скончался Московский митрополит Филарет и долго не знали, кто будет назначен преемником этого великого архипастыря. Наконец совершилось избрание; на место почившего митрополита был назначен архиепископ Иннокентий. Сам преосвященный Иннокентий был поражен этой вестью более всех. Прочитав депешу, он изменился в лице и несколько минут был в раздумье. Затем целый день оставался один, а ночью долго и усердно молился, стоя на коленях. Дивился он своей собственной судьбе: сын бедного сельского пономаря, которому во время оно в пономари на место отца невозможно было попасть, делается одним из первых иерархов Русской церкви — Московским митрополитом!
С глубоким смирением, несмотря на плохое состояние здоровья, принял преосвященный Иннокентий новое свое назначение и стал собираться в путь.
Излишне говорить, с. какими чувствами радости и благоговения встречали и провожали его в Сибири жители городов, через которые ему приходилось проезжать. В первый раз на веку своем видели они митрополита. С особой торжественностью приветствовали митрополита в его родном Иркутске, где из-за распутицы он пробыл довольно долго, и в это время несколько раз совершал литургию вместе с другими архиереями, бывшими там. Наконец, в 9.30 часов вечера 25 мая 1868 года огласивший всю Москву колокольный звон возвестил о прибытии в столицу ее нового архипастыря На другой день высокопреосвященный Иннокентий, митрополит Московский и Коломенский, совершил свое вступление в Большой Успенский собор. При вступлении в собор владыка сказал речь, исполненную истинного смирения. "Кто я, — говорил он, — дерзающий воспринять и слово и власть моих предшественников? Ученик отдаленнейшего времени, отдаленнейшего края и в отдаленной стране проведший более половины своей жизни; не более как смиренный делатель нивы Христовой, учитель младенцев и младенчествующих в вере".
С таким смирением вступал преосвященный Иннокентий в новое свое служение. Ему было уже более 70 лет, он был удручен болезнью, почти слеп, но все-таки был исполнен сил и рвения к деятельности. Войдя в управление новой епархией, он своими стараниями принес много пользы, заботясь о нуждах подведомственной ему паствы. Он устроил богадельни для вдов и сирот, основал различные благотворительные общества, позаботился об обеспечении бедных духовного звания, старался о народном образовании и, кроме всего этого, присутствовал в Св. Синоде, принимая участие в духовном управлении всей России. 18 мая 1871 года исполнилось ровно 50 лет с того дня, когда Иннокентий был возведен в сан священника, и митрополиту были принесены сердечные поздравления всего Московского духовенства.
