Проживая в Якутске, владыка много заботился о переводе священных книг на якутский язык. Велик для якутов был тот день, когда, наконец, совершена была первая Литургия на их родном языке. Преосвященный сам служил молебен и читал Евангелие. Якутов до того тронуло это событие, что старшины от лица всех своих собратьев представили владыке Иннокентию просьбу, чтобы день этот навсегда был днем праздничным. потому что в этот день они в первый раз Божественное слово в храме на своем языке.
Из Якутска архиепископ, несмотря на свои уже преклонные лета, почти постоянно предпринимал путешествия по своей, теперь еще более расширившейся епархии, подвергал себя разного рода лишениям и опасностям. В одно из таких путешествий, находясь в Аянском порту, он едва не был взят в плен англичанами, которые вели в то время с Россией войну и завладели неожиданно этим городом.
В конце июня 1857 года архиепископ Иннокентий был вызван в Петербург для присутствования в Св. Синоде. Во время его пребывания в Петербурге состоялось Высочайшее повеление о назначении двух викариев, т. е. помощников архиепископа — в Якутск н Новоархангельск. Таким образом, труды преосвященного Иннокентия по управлению епархией были несколько облегчены.
Из Петербурга Иннокентий выехал в начале 1858 года не доехав до Якутска, предпринял путешествие по Амуру, который был в то время только что присоединен к России. Эта громадная река течет на протяжении нескольких тысяч верст и отделяет китайские владения от русских. Во время этого путешествия преосвященный останавливался почти во всех прибрежных поселениях и совершал богослужение. А то так просто, проезжая мимо какой-либо прибрежной деревеньки, преосвященный велит пристать к берегу и начнет поучать сбегавшихся к нему жителей. И ничто при этом не укрывалось от внимания владыки: он входил во все нужды своей паствы как духовные, так и телесные.
В 1862 году преосвященный Иннокентий переселился в город Благовещенск, стоящий на реке Амуре, на постоянное жительство. Здесь он так же неутомимо и так же ревностно продолжал дело своего служения, неусыпно заботясь о поддержании православия в епархии. Отсюда также он предпринимал частые путешествия и по Амуру, и по другим областям для личного надзора и наставления новообращенных. Но преклонные лета и плохое здоровье заставляли его уже думать и об отдохновении. Он стал проситься на покой. Но еще не должны были окончиться его пастырские труды, и воля Божия готовила ему другую деятельность.
