После свадьбы новобрачные отправились навестить мать Антуана Франсуазу д’Алансон, доживавшую свои дни в замке Вандом. Она не сочла нужным появиться в Мулене, хотя и была заблаговременно уведомлена о предстоящей свадьбе. Странности поведения старой дамы хотя и не омрачили ее свидания с сыном и невесткой («Не поверю, что вы женаты, пока не увижу вас в одной постели», — вместо приветствия заявила она), однако сделали недолгим их совместное пребывание. Вскоре молодые уже были при французском дворе в Сен-Жермен-ан-Лэ, чтобы присутствовать на свадьбе отвергнутого Жанной претендента на ее руку — герцога Франсуа Гиза, вступавшего в брак с внучкой короля Людовика XII, Анной д’Эсте. Для него это был весьма завидный брачный союз, и устроенные по этому случаю свадебные торжества своей пышностью резко контрастировали со скромным бракосочетанием в Мулене. Звезда Гизов восходила, тогда как семейство д’Альбре явно не было в фаворе у Генриха II. В начале 1549 года Жанна и Антуан вместе с Маргаритой Наваррской прибыли в Беарн.
Для них начался период долгих расставаний и бесконечных переездов, что в те времена было общей участью представителей высшей знати. На севере Франции возобновились военные действия, и Антуан отправился в Пикардию, губернатором которой являлся, чтобы командовать войсками. Совместное проживание супругов стало весьма затруднительным, поскольку Генрих II косо смотрел на то, чтобы его племянница разъезжала по военным лагерям и гарнизонам. Однако любовный пыл новобрачных помогал им находить выход из положения. Жанна следила за новостями о ходе кампании, и как только представлялся удобный момент, она стремительно приближалась к театру военных действий, чтобы быть готовой тайком ответить на зов своего супруга. Так были зачаты их первые дети. 21 сентября 1551 года в замке Куси, на севере родовых владений Бурбон-Вандомов Жанна родила своего первенца. В честь деда Генриха д’Альбре его нарекли Генрихом с титулом герцога де Бомон. Незадолго перед тем королева Франции Екатерина Медичи произвела на свет своего третьего сына, будущего короля Генриха III.
Маргарита Ангулемская, королева Наварры, не дожила до появления внуков. Она скончалась 21 декабря 1549 года в замке Одо в одиночестве, вдали от дочери, которая не проводит в последний путь и своего отца, и супруга, да и сама скончается в разлуке с сыном и дочерью, среди чужих людей. Ненамного пережила Маргариту и мать Антуана Франсуаза д’Алансон, завершившая земной путь в замке Вандом, тоже вдали от родных. В ожидании приезда сына ее тело несколько месяцев не предавали земле, пока Антуан, охваченный суеверным страхом (как полагали, непогребенный покойник служил причиной несчастий), но так и не собравшийся отдать последние почести матери, не распорядился похоронить ее.
