Со смертью своего учителя Джон Нокс превратился в лидера так называемого «Восстания против регентши». Французские войска, высадившиеся в Шотландии, чтобы оказать помощь Марии де Гиз, схватили Нокса, и он был отправлен на галеры.
Освободившись, Нокс нашел убежище в кальвинистских странах, где научился владеть словом и ненавидеть роскошь. Едва вернувшись в Шотландию, он сумел направить на путь Реформации как дворянство, так и простой народ. Джузеппе, брат Давида Риччо, информировал папу о движении, руководимом Ноксом. В одном из своих сообщений Джузеппе пишет:
«Он, превратившись в шотландского пророка, каждое воскресенье посылает с амвона собора Сен-Жиль проклятия тем, кто не внемлет его проповедям. Он, как дитя, радуется каждый раз, как терпит поражение какой-нибудь католик или иной противник — приверженец другой религии. Когда убивают врага, Нокс говорит о руке Господа. Каждое воскресенье, закончив проповедь, он восхваляет Бога и просит его скорее покончить с царствованием узурпаторов Стюартов и с королевой, восседающей на троне, который ей не принадлежит».
От Давида Риччо папа Пий V получил сообщение о встрече Джона Нокса с королевой Марией Стюарт.
«В Эдинбурге произошла встреча праведной католички королевы Шотландии с фанатиком-протестантом Джоном Ноксом. Проповедник был невежлив и назвал римскую католическую церковь шлюхой, которая не может быть супругой Господа. Королева Мария была оскорблена этими его словами».
Священный Альянс посоветовал братьям Риччо усилить меры по обеспечению собственной безопасности: за столь короткое время они, кажется, успели нажить слишком много врагов, а папа не хотел терять таких ценных агентов.
Двумя главными врагами итальянцев и Контрреформации в Шотландии были канцлеры королевы: ее незаконнорожденный брат Мюррей и Уильям Мэйтланд, и тот и другой — протестанты. Вскоре агенты Священного Альянса узнают через одного предателя, что королева Елизавета I Английская пытается подкупить канцлера Мюррея и нескольких лордов с тем, чтобы они организовали в Шотландии восстание против Марии. Папа может только уведомить об этом короля Испании Филиппа II, который сообщает через своего посланника при английском дворе, что, если это произойдет, он, возможно, сочтет себя обязанным помочь католической королеве. Посланник, несмотря на свою осведомленность, ни словом не упомянул о письме, отправленном 10 января 1566 года папой Пием V королеве Марии Стюарт: «Возлюбленная дочь наша! С великой радостью мы узнали, что Вы и Ваш супруг явили блестящее доказательство своей заботы о том, чтобы вернуть в ваше королевство истинную церковь Божью».
