Средняя стрелковая установка состояла из серийной турели типа СУ-ДБ-3 под пулемет ШКАС калибра 7,62 мм. Запас патронов – 2000 штук. Для удобства маневром турели и выбора прицельных углов по бортам ее на днище лодки сделали ступеньки. Экран в полете мог увеличиваться за счет замшевой сжимаемой части, жестко скрепленной с ним. Имелось походное съемное кожаное сидение. На подвижном кольце турели смонтировали кронштейн для кислородного прибора.
Люковая стрелковая установка была по типу шкворневой установки самолета ДБ-3 под пулемет ШКАС калибра 7,62 мм. Патронный ящик емкостью 1000 штук находился на специальной площадке по правому борту. В походном положении пулемет ставили вертикально по правому борту. На обшивке, по левому борту, имелся трос с карабином, которым стрелок закреплялся при стрельбе.
Максимальная бомбовая нагрузка самолета составляла 1200 кг. Варианты вооружения: двенадцать ФАБ-100 или ФАБ-50, четыре ФАБ-250 или БРАБ- 220, две ФАБ-500.
Крупнокалиберные бомбы ФАБ-500 и 250 подвешивались на замки ДЕР- 19, расположенные по два под каждой плоскостью крыла. Бомбы ФАБ-100 подвешивались на горизонтальные кассетные держатели с замками ДЕР- 31 М. Кассеты прикреплялись под каждую плоскость крыла самолета в гнезда замков ДЕР-19.
Каждый бомбодержатель, заключенный в обтекатель, имел по шесть передних и задних ухватов с удлиненными стопорными болтами. Для просмотра и постановки на предохранитель обтекатель сделали с четырьмя лючками. Внутри кассеты существовала трансмиссия, состоящая из двух валиков, заключенных в шарикоподшипники. Валик имел три кулачка, расположенные в одной плоскости. Шесть поперечных балок служили для установки замков ДЕР-31 М.
Замки кассетных держателей работали от АС-5, по принципу замков ДЕР- 19. За один ход АС-5 падали три бомбы в залпе. Для замков ДЕР-31 М был сохранен принцип работы от ЭСБР-3. Для пристрелочных и светящихся бомб имелось два замка ДЕР-32.
Сбрасыватели были связаны с бомбодержателями аварийной и электрической проводкой. Прицел для бомбометания ОПБ-2.
Крупнокалиберные бомбы поднимались при помощи лебедки БЛ-3, устанавливаемой на плоскостях самолета. Подвеска бомб на кассетные держатели производилась вручную.
Во время полигонных испытаний определялась возможность применения на самолете МДР-6 универсального химического авиационного прибора УХАБ-500 конструкции завода № 145 НКАП, предназначенного для выливания с самолета ОВ и ДВ. Габаритные размеры – в пределах авиабомбы ФАБ-500, подвешивались под крыло.
