Строительная комиссия Министерства путей сообщения действовала недобросовестно и в ущерб монастырю. Много слез пролила игумения, видя плохую стройку корпусов и непроизводительные чрезмерные расходы; наконец, когда комиссия ассигновала пять тысяч на пустой мостик, игумения обратилась лично к государю, умоляя отстранить комиссии, поручив дело ей одной. Государь соизволил, сказав ей при этом: "Я сам буду вашим инженером". Встретив потом мать Феофанию на юбилее Екатерининского института, — государь спросил ее: "Не сердитесь ли вы на меня, что я перевожу ваш монастырь на другое место?"
Еще прежде корпусов, матушка приступила к возведению деревянного храма. Для того она взяла в долг леса у лесного промышленника Громова. Время уплаты пришло; денег не было. Видя глубокую скорбь и слезы игумении, мать Варсонофия взяла счеты и со стесненным сердцем поехала просить у Громова отсрочки. Выслушав ее, Громов разорвал счета.
3 ноября 1849 г. совершилась, в присутствии государя, закладка монастыря. Но до переселения в него монахинь было далеко. Надо было из болота и песку образовать сносное место. Прокопали осушительный канал, распланировали и рассадили сад, который еще при жизни матери Феофании давал и ягоды, и плоды, при чем эту дорогую работу матушка совершила без больших затрат. Таким же хозяйственным способом был украшен и храм. Иконы, роспись стен и облачения — все было устроено сестрами. Выбрав хорошего художника, мать Феофания пригласила его давать уроки монахиням и просила его руководить их работами. Сама она несколько раз объездила с монастырскими художницами петербургские церкви и выбирала для образцов лучшие иконы. Когда, впоследствии, пришлось приступить к украшению собора, было уже 12 опытных живописиц. Золотошвейки изготовляли облачения и пелены. 5 июня 1854 г. игумения и все сестры переселились на новое место; вскоре монастырь был окружен каменной оградой, и выстроен за оградою дом для духовенства. 27 июня 1854 г. освящена церковь келейная во имя Афонской иконы Богоматери "Отрада и Утешение". Здесь стоит присланная с Афона иеромонахом Серафимом Святогорцем икона. В этой-то церкви, проходя в нее по внутреннему коридору из своей келлии, мать Феофания до конца жизни слушала все службы. В том же году заложена церковь Богоматери "Скорбящих Радости", вдовою А. Н. Карамзина, убитого во время Крымской кампании.
Между тем, фундамент соборного храма, выведенный комиссиею и затем оставленный за более нужными постройками, стоял закрытый. Народ не вмещался в маленькой келейной церкви, и игумению осуждали, зачем она не выстроит большого храма, и мать Феофания много о том плакала.
