Ираида Осиповна познакомила владыку с девушками — певчими, они стали навещать его, и так в селе образовался кружок, но просуществовал он недолго. Пребывание епископа в селе было скоро замечено местным НКГБ и началась слежка. Тем временем религиозный отдел НКГБ без всякой связи с епископом Василием начал по России разработку дела под условным названием «Проповедники». Арестовывали всех, не имевших регистрацию епископов и священников, а заодно и тех, кто их знал.
5 ноября 1943 года Ярославским НКГБ были арестованы епископ Василий, иеромонах Дамаскин и Ираида Тихова. Обвинили их в том, что «они являются сторонниками истинно православной церкви, ведут активную антисоветскую деятельность, организовали подпольную домашнюю церковь».
7 ноября епископ был заключен в Ярославскую внутреннюю тюрьму.
Конфискованного имущества у владыки оказалось немного: один ветхий подрясник, деревянный крестик, иконка, детская игрушка, кожаный ремень и расческа. При приеме в тюрьму врач поставил диагноз — миокардит и рекомендовал легкую работу. Владыке было шестьдесят восемь лет.
Допросы начались на следующий же день. И в тот же день ночью. И на следующий день. И на следующий день. И снова ночью. Следователей было двое, и они менялись. Иногда их сменял третий следователь. Епископа допрашивали, не давая ему спать по многу суток.
Следственный конвейер, когда многосуточно не давали спать, пытка голодом на фоне немощей и болезней старости сломили волю к сопротивлению следственным домыслам. И когда следователь в очередной раз принес загодя отпечатанный на машинке протокол допроса, владыка его подписал; он решил говорить хоть как-то, объяснять хоть что-то. Долго рассказывал о своем религиозном пути. Как был до революции в Англии и с интересом там наблюдал за христианским студенческим движением, как вернулся в Россию и здесь сам стал участником московского студенческого кружка. Как впоследствии сам создал «евангельские кружки» и что к октябрьскому перевороту отнесся совершенно отрицательно. Некоторое время думал, что в результате закона об отделении Церкви от государства она обретет свободу от государственного насилия, но скоро государство открыло жесточайшее гонение на Церковь, и тогда он уехал в Кинешму к отцу.
Следователь записывал по-своему: «Объединив вокруг себя недовольных советской властью лиц из числа сторонников нелегальной церкви, проживающих в городах и районах Ивановской и Ярославской областей, создавал антисоветскую организацию и руководил ею до момента своего ареста, вынашивая в себе надежду на неизбежность изменения у нас в стране политического строя…»
