В течение длительного времени органы и войска государственной безопасности работали под непосредственным руководством и контролем Центрального Комитета КПСС. С принятием Закона об органах государственной безопасности в СССР это руководство и контроль в определенной мере сохранились благодаря расстановке на ключевых руководящих должностях КГБ бывших ответственных работников партийных органов и наличию в центральном аппарате КГБ — УКГБ парткомов. Так, несмотря на конституционное изменение роли КПСС в обществе, действие закона «Об общественных организациях в СССР», Комитет госбезопасности направлял секретные материалы в адрес ЦК КПСС. В архивах секретарей ЦК имелись специальные фонды, которые назывались «документы КГБ СССР», где накапливались информационные справки, в том числе и особо секретного содержания. Секретариат ЦК систематически давал отдельные поручения Комитету государственной безопасности, направлял целевые запросы, в том числе и на политических деятелей, и получал ответы в виде справок. ЦК КПСС использовал структуры Первого главного управления КГБ для передачи денежных средств в валюте за рубеж коммунистическим и рабочим партиям. Все это в совокупности следует расценивать как незаконное руководство со стороны аппарата ЦК КПСС одним из ключевых государственных органов страны, как противоправные и противоречащие Конституции СССР действия.
Особенно опасным для государства, его законодательных структур и структур управления являлось то, что Комитет госбезопасности функционировал в условиях фактического отсутствия правовой базы, сколько-нибудь ограничивающей его деятельность. Принятый Верховным Советом СССР Закон об органах КГБ в СССР при сохранении прежних ведомственных положений и инструкций оставил широкое поле вседозволенности для прежнего руководства Комитета госбезопасности. Именно по этой причине руководство КГБ СССР игнорировало многочисленные предложения по реформированию комитета, переходу на новую нормативную базу. Ряд предложений исходил от сотрудников КГБ СССР, в частности Инспекторского управления и НИИ КГБ СССР, но реакции на них не было.
Все перечисленное позволило руководству КГБ СССР задействовать отдельные подразделения комитета для проведения ряда мероприятий накануне и в период попытки переворота, не объясняя действительных целей своих команд.
Вседозволенность и полное отсутствие контроля привели к тому, что органами государственной безопасности в нарушение собственных инструкций, не говоря уже о действующем законодательстве, проводились оперативно-технические мероприятия в отношении целого ряда государственных и общественных деятелей задолго до попытки государственного переворота. Так, с 1989 года велось наружное наблюдение за народными депутатами СССР Т. Гдляном, А. Ивановым, Б. Ельциным, практически за всеми лидерами межрегиональной депутатской группы. В целях получения информации прослушивались телефонные переговоры как указанных лиц, так и близких им граждан.
