После этого на Святую Гору пришел ученый иеромонах Агапий. По совету с ним, блаженный Никодим начал работу над систематизацией и толкованием канонов Церкви, необходимых для руководства не только духовенства, но и любого благочестивого христианина. Этот многоценный труд, законченный с помощью иеромонаха Агапия, был назван "Пидалион" ("Кормило"), поскольку он направлял и руководил Церковь Христову. Завершив работу над книгой, блаженный Никодим послал ее на рассмотрение в Константинополь. Через год патриарх Неофит, получив о книге одобрительные отзывы от митрополита Коринфского Макария и митрополита Парийского Афанасия, дал ей соборное одобрение. Книга была отослана святому Никодиму. Поскольку средств на ее издание у него не было, монахи Афона провели сбор пожертвований и вырученные деньги вместе с рукописью передали архимандриту Феодориту из Янины, прося его позаботиться об издании книги в Венеции.
Новое испытание ожидало преподобного Никодима: Феодорит оказался лукавым лжебратом. Среди толкований и разъяснений канонов он кое-что вычеркнул, а взамен добавил кое-что свое в защиту инославных верований, чуждых учению Православной Церкви, так что эти добавления совершенно извратили труд Никодима в восемнадцати местах.
Когда блаженный Никодим увидел эти искажения, которые могли ввести православных христиан в заблуждение, он был сильно огорчен и долго не мог после этого обрести покоя. В сильной скорби провел он два месяца в келье братьев Скуртеосов, затем поселился у старца Сильвестра в келье во имя святого Василия. Там он продолжил духовные подвиги, написал труд "Христианская этика", отредактировал "Надгробные песнопения". Закончив эти труды, святой Никодим ушел из кельи святого Василия из-за сложностей, возникших в его отношениях с послушником старца Сильвестра, и водворился в монастыре Пантократор. Но затем любовь к уединению побудила его поселиться в пустынной каливе рядом с кельей во имя святого Василия. Там он жил, как Ангел во плоти, не имея даже и насущного хлеба. Помогали ему братья Скуртеосы, часто приглашавшие его на трапезу. Но и тогда, даже и настрадавшись от голода, он готов был забыть о еде и начинал беседу, если кто-либо задавал ему духовные вопросы, так что старцу кельи приходилось просить блаженного Никодима остановиться, чтобы дать внимавшей красноречию преподобного братии возможность закончить трапезу.
В этой пустынной каливе преподобный Никодим отредактировал Молитвослов, второй "Эксомологитарион" (книгу об исповеди), а затем принялся за труды по экзегетике. Он растолковал четыре послания апостола Павла и семь соборных посланий, перевел и растолковал "Толковую Псалтирь" Евфимия Зигабена и девять песен Священного Писания. Этот свой труд святой старец назвал "Сад Благодати". Все его толкования полны глубоких богословских мыслей и нравственных поучений.
