Логическим продолжением процесса изменения структуры собственности в российском нефтегазовом комплексе явилась борьба за полное исключение представительства государства из системы управления «новообразованными» компаниями. К середине 90-х политическое руководство России испытывало острую нехватку средств, которые были необходимы для сохранения своего доминирующего положения, в частности — для легитимного продления президентских полномочий Бориса Ельцина. В России наступила эпоха «залоговых аукционов» и приватизационных конкурсов (1995–1998 гг.). Это был второй этап развития российского нефтегазового комплекса. Ельцин получил от крупнейших российских бизнесменов средства на избирательную кампанию, взамен пообещав передать им самые ценные производственные активы государства и прежде всего производственные мощности нефтедобывающего комплекса. Формально государство брало кредиты у частных банков в залог акций госпредприятий, однако изначально стороны прекрасно понимали, что кредит не будет возвращен и контрольные пакеты акций предприятий останутся у кредиторов. Такой феномен «закулисной» приватизации привел к окончательному самоустранению государства из процедуры управления нефтяными компаниями.
В 1994–1997 годах была осуществлена приватизация «ЛУКОЙЛа», по результатам которой у государства остался блокирующий пакет акций концерна — 26,6 %. В дальнейшем доля государства сократилась до 7,6 % акций. 3 ноября 1995 года в Сургуте прошел аукцион по 40 процентному пакету акций АО «Сургутнефтегаза» (при стартовой цене пакета 300 млрд. рублей). На аукцион было подано 3 заявки, допущены до аукциона 2 заявителя. Победителем стал негосударственный пенсионный фонд «Сургутнефтегаз», предложивший правительству кредит в размере 400 млрд. рублей. Примечательно, что комиссия по проведению аукциона состояла из 4 человек: гендиректора АО «Сургутнефтегаз» и его заместителя, представителей администрации Тюменской области и Тюменского областного фонда федерального имущества. А допуск на аукцион участников и наблюдателей происходил с разрешения гендиректора АО «Сургутнефтегаз» Владимира Богданова.
Также благодаря практике «залоговых аукционов» банк «МЕНАТЕП» получил контроль над 80 % акций «ЮКОСа». Активную помощь в проведении аукциона команде Михаила Ходорковского оказал тогдашний председатель правительства Виктор Черномырдин. Более того, премьер-министр согласился на фактическое списание задолженностей «ЮКОСа» и его дочерних предприятий по налоговым платежам. Формально это было проделано за счет применения сложных вексельных схем с большим дисконтом погашения. В результате с 1997 года «ЮКОС» стал основным местом работы Михаила Ходорковского и его команды.
