Оставалась единственная надежда на влиятельных покровителей в Лондоне. Но там Фипса ждало горькое разочарование: Яков II к тому времени вынужден был расстаться с английским троном и бежал из Англии, а заслуг перед пришедшей к власти оппозицией во главе с Вильгельмом III у незадачливого губернатора не было. За неуплату долга вчерашнего триумфатора бесцеремонно бросили в тюрьму. Его организм, подорванный тропической лихорадкой, не вынес холода и сырости каменной клетки, ставшей его последней обителью. Вскоре он скончался. Произошло это в 1695 году, когда Фипсу от роду было чуть больше 44 лет.
Единственное имущество знатного арестанта составлял маленький серебряный слиточек — тот самый, что был поднят им со дна еще во время его первой попытки найти затонувший испанский галеон. Этот кусочек серебра, служивший Уильяму талисманом, не смог уберечь своего хозяина от горьких превратностей судьбы, зато пригодился ему в канун кончины: в свой последний час Фипс отдал памятное серебро тюремщику, чтобы тот смог купить для него приличный гроб.
Но тюремщику не пришлось выполнять предсмертную волю легендарного узника: словно опомнившись от своей несправедливой жестокости, власти распорядились похоронить Фипса за счет королевской казны. На его могиле вдова установила белый мраморный памятник с красивой урной, поддерживаемой двумя ангелами. Барельеф на памятнике повторял рисунок медали, врученной отважному искателю сокровищ в его звездный час: стоящий на якоре корабль в окружении шлюпок, с которых ведется подводная добыча драгоценностей.
Начавшиеся в последний период жизни беды и неприятности преследовали Фипса и после смерти: при неизвестных обстоятельствах это надгробие бесследно исчезло. Лишь в документах сохранился текст эпитафии, некогда начертанной на мраморе:
«Здесь покоится рыцарь сэр Уильям Фипс, который благодаря своей неистощимой энергии обнаружил среди скал Багамских отмелей, к северу от Эспаньолы, испанский галеон, пролежавший сорок четыре года на дне моря; он извлек золото и серебро на сумму, достигавшую 300 тысяч фунтов стерлингов, и с присущей ему честностью доставил эти сокровища в Лондон, где они были поделены между ним и другими компаньонами.
За большие заслуги его величеством, царствующим королем Яковом II, Фипсу было пожаловано рыцарское звание. По просьбе почтенных жителей Новой Англии Фипс принял на себя управление Массачусетсом. Свои обязанности он выполнял вплоть до кончины, с таким рвением заботясь об интересах родины и пренебрегая личными интересами, что справедливо заслужил любовь и уважение лучшей части населения этой колонии».
