Пребывая по возвращении с Яны в Якутске, Дежнев стал невольным свидетелем того, как деспотизм главного воеводы вызвал всеобщий ропот. На Ленском волоке был схвачен с награбленным добром Парфен Ходырев в то самое время, когда туда прибыли воеводы. Головин занялся делом о корыстных злоупотреблениях Парфена, а старожилы Якутска старались выгородить прежнего начальника острога. На этой почве и окружение Головина раскололось на две партии. Учинилась «рознь» даже между главным воеводой и Матвеем Глебовым, на стороне которого оказался и дьяк Евфимий Филатов. Дело дошло до драки в приказной избе. Но это была еще только прелюдия кровавой усобицы, охватившей несколько позже Якутск.
Головин приехал на Лену с широкомасштабными планами. Он задумал осуществить реформу системы ясачного обложения с целью значительного увеличения поборов с местного населения, а для этого провести перепись якутов. Представители якутской администрации и преданные ей тойоны отговаривали воеводу от этого шага, опасаясь, что это вызовет сопротивление якутов. Самоуверенный Головин не пожелал прислушаться к благоразумным советам и приходил в раздражение, встречая противодействие своим планам.
Реакцией местного населения на политику воеводы стало широкое восстание, охватившее многие якутские волости. Восставшие отказывались платить ясак. Они подходили к Якутску и были уже в нескольких верстах от его стен. Это вызвало растерянность Головина, лихорадочно стремившегося переложить ответственность за события на других, «злохитроством своим покрываючи вину свою». Он стал обвинять в случившемся Глебова, Филатова и других, называя их изменниками. Многие лица были схвачены и брошены в тюрьму. Дьяк Евфимий Филатов оказался под домашним арестом, и к его дому был приставлен караул. Вскоре по наговору Головин засадил под арест на его дворе и второго воеводу Матвея Глебова, не отпуская его ни в съезжую избу для вершения дел, ни в церковь. С величайшей жестокостью воевода вел следствие, выбивая показания свидетелей против своих противников и их действительных и мнимых сообщников. Головин обвинил своих противников в том, что «учили де они якутов… служилых людей побивать, и под острог, собрався, притти и пушки в воду побросать и острог зажечь», а также подстрекали ясачных людей не платить никакого ясака, избивать промышленных людей, уходить в отдаленные места. Нелепость этого обвинения была очевидна.
Весть о событиях на Лене дошла до Москвы только в августе 1644 года через енисейского воеводу Аничкова который располагал свидетельствами служилых людей, приезжавших из Якутии. По предписанию московских властен Аничков направил в Якутск сына боярского Ивана Галкина, возглавлявшего первый поход на Лену, для освобождения Глебова и других узников. Головин встретил Галкина враждебно, бранился непотребно, называл его царскую грамоту поддельной, «воровской». В конце концов строптивый воевода вынужден был подчиниться содержавшимся в грамоте распоряжениям. Уступить же Головину пришлось потому, что с приездом Галкина копившееся подспудно возмущение людей против произвола воеводы прорвалось наружу. Служилые люди сами освобождали заключенных и проявляли откровенную ненависть к воеводе. Раздавались недвусмысленные угрозы перебить воеводу и всех его приближенных. Еще долго Головин пытался плести интриги, подстрекая своих сторонников к тому, чтобы не допустить освобожденных из заключения Глебова и Филатова к исполнению служебных обязанностей.
