В 1638 году учреждалось самостоятельное воеводство в Якутске с непосредственным подчинением Сибирскому приказу в Москве. Этого требовали интересы управления огромной территории Сибири. Но и новое воеводство оказалось трудноуправляемым из-за обширности своих просторов. Оно охватывало весь ленский бассейн кроме верховьев Лены, Оленек и все земли к востоку от Лены, открытые и еще не открытые. Но приезд первых воевод задерживался. Временно областью продолжал управлять Парфен Ходырев, а после его отстранения — письменный голова Василий Поярков.
Что нам известно о якутской службе Семена Дежнева? Документальные свидетельства на этот счет скудны. Дежнев упоминается среди служилых людей, допрошенных 1 марта 1640 года по делу Ходырева, временно управлявшего Якутским острогом, но к тому времени видимо, отстраненного от управления. Обвинения его в различных злоупотреблениях и лихоимстве, видимо имели под собой серьезные основания. Злоупотребляя своим служебным положением, Парфен за два года присвоил 3200 соболиных шкурок, составлявших целое состояние. Он занимался незаконной торговлей через подставных лиц — служилых и торговых людей, а также широкими ростовщическими операциями. В роли обвинителей корыстолюбивого администратора выступали Михаил Стадухин и Юрий Селиверстов. По их настоянию в ходыревском доме был произведен дотошный обыск, во время которого были обнаружены огромные запасы пушнины и долговые кабалы (расписки) на сумму 4156 рублей.
Вероятно к этому времени относятся две недатированные челобитные служилых людей Якутска на имя царя Михаила Федоровича об отпуске их на службу в якутские волости. В первой из них речь идет о Яульской волости, во второй — Нюриптетской. В числе многих казачьих десятников и рядовых казаков, от имени которых подавались обе челобитные, упоминается и Семейка Дежнев Примечательно, что обе челобитные заканчиваются припиской: «К сей челобитной поп Федорише Андреев вместо служилых и промышленных людей, кои в грамоте не умеют, по их велению руку приложил». Далее упоминаются персонально грамотные лица, которые оказались в состоянии сами поставить свои подписи. Среди их имен Семена Дежнева нет. Он упомянут в общей массе казаков, от имени которых приложил руку — поп Федорище. Перед нами явное свидетельство неграмотности Дежнева, свидетельство документальное. До конца дней своих он так и не овладел грамотой. Под всеми его последующими документами подписывался за него кто-либо из грамотеев.
