Служилые и торговые люди не намерены были молча сносить обиды и злоупотребления воеводы. Они писали на него жалобы, перечисляя все его лихости и прегрешения, и слали в Москву. Головин опасался жалоб и старался вылавливать жалобщиков и наказывать их лото. По повелению воеводы таможенные заставы досматривали караваны, трясли с пристрастием все грузы, чтобы обнаружить тайные грамоты, обличающие Петра Головина. И все же грамоты доходили до Москвы с купцами, со служилыми людьми, сопровождавшими соболиную казну. Беспредельна была всеобщая ненависть к жестокому воеводе. Рискуя многим, люди зашивали письма-жалобы в одежду, тайники и довозили. Сибирский приказ оказался осведомленным об обстановке в Якутске.
Поток жалоб встревожил московское правительство и заставил его поспешить с заменой Головина Василием Никитичем Пушкиным. Он не был прямым предком великого поэта, но представлял тот же старинный дворянский род. Колоритной в своем роде фигурой был третий якутский воевода Дмитрий Андреевич Францбеков (Ференсбах, 1649–1651), выходец из ливонских немцев, принявший православие. Человек деятельный, не лишенный организаторских способностей, он направлял экспедиции для открытия новых земель. Вместе с тем это был цепкий ростовщик, корыстный взяточник, изобретательность которого в изыскании новых источников личного обогащения поистине не знала предела. В целях вымогательства взяток у торговых и промышленных людей Францбеков практиковал под всякими предлогами задержку в выдаче разрешений на выезд на промыслы. Рискуя упустить сезон навигации и благоприятное время для охоты, купцы и начальники промысловых групп были вынуждены давать воеводе крупные взятки. Только после этого они могли выехать из Якутска. Таким путем Францбеков взял с Ивана Гурьева пятьдесят рублей деньгами и меду на сто рублей.
Среди документов XVII века сохранилось много жалоб на воевод и их приближенных. В 1646 году была подана коллективная жалоба. 400 служилых людей Якутского острога, среди которых был и Курбат Иванов, обратились с челобитной на царское имя. Они жаловались на свою судьбу на Лене и иных «сторонних реках», по острожкам и ясачным зимовьям. Им приходится покупать лошадей, лыжи и нарты и другое снаряжение по высокой цене у торговых людей. Приходится голодать, питаться травой, сосновой корой, кореньями, а иной раз и помирать голодной смертью. Они собирали ясак с большой прибылью, поставили новый Якутский острог и съезжую избу, церковь и амбары. А воевода Головин удерживает из их хлебного жалованья одну треть на содержание семьи, жены и детей, остававшихся в Якутске. Иной раз семья эту треть получала, а иной раз и не получала. Приходилось покупать хлеб также по дорогой цене — до 4 рублей за пуд. Челобитчики жаловались и на то, что воевода привлекает их к строительству кочей. Если же кто строить кочи не умеет, тот должен нанимать за свой счет плотника.
