Не избежал воеводского гнева и пыточной избы даже будущий герой амурского похода Ерофей Павлович Хабаров. Дежнева сия горькая чаша миновала только потому, что он во время воеводства Головина находился преимущественно в походах вдалеке от Якутска и с воеводой непосредственно почти не сталкивался.
От преследований и тюрьмы не спасала и поповская ряса. Подозревая якутское духовенство в сговоре со своими противниками, мнительный Головин проникся к нему недоверием. Был схвачен и брошен в оковах в тюрьму иеромонах Симеон, личный духовник воеводы. Другого священника, Стефана, тоже держали в тюрьме. Воевода разрешал его отпускать на время лишь для отслужения треб. Отслужив панихиду или окрестив младенца, злополучный Стефан снова препровождался под конвоем в камеру. Священника Порфирия сковали в колоде большой нашейной цепью и водили в застенок, где подымали на дыбу. Церковные службы в городе почти прекратились.
В XVII веке православная церковь в Восточной Сибири обслуживала преимущественно русское население. Кроме Якутска, лишь в нескольких наиболее людных поселениях и острогах были церкви или часовни. Возводились они исключительно из дерева, повторяя выразительные черты деревянного зодчества русского Севера. Пока перед духовенством не ставилась цель широкой миссионерской деятельности. «Церковь в Сибири не была призвана в XVII в. воздействовать на туземное население путем принудительного крещения, — писали авторы работы «Якутия в XVII веке». — Более того, правительство неодобрительно смотрело на принятие туземцами христианства. Это объяснялось опасением, что крещение может привести к русификации ясачных люден и отказу их от охотничьих промыслов. В условиях Сибири церковь была необходима для царского правительства главным образом для воздействия на русских колонистов, в частности, на буйных служилых людей, которых не всегда было легко держать в узде одними средствами принуждения». Все же случаев обращения якутов в христианство было немало, особенно среди тех, кто оказывался в родстве с русскими или поступал на русскую службу. Обращение в христианство обычно носило внешний, формальный характер. Выкрест, то есть крещеный якут, продолжал придерживаться своих традиционных верований и обрядов, но при этом посещал церковь, желая извлечь из этого определенные для себя выгоды. Крестились, как правило, якутки, становившиеся женами русских. Но основная масса якутов продолжала в XVII веке придерживаться своих верований. Еще в большей мере это относилось к эвенкам, эвенам и юкагирам.
