Кроме Федота Алексеева и Дежнева, в состав экспедиции входило шестьдесят два человека, в том числе двенадцать покручеников, не имевших собственного снаряжения и поэтому нанявшихся к Холмогорцу, и пятьдесят своеуженников — промышленников, имевших свои капиталы и товары. Последние, по-видимому, выступали в роли пайщиков Федота Алексеева, самого состоятельного среди них, внося свои доли в организацию экспедиции. Из наказной памяти видно, что Холмогорец был назначен целовальником, то есть получал официальный чин и принимал на себя некоторые обязанности перед властями. Это указывает на то, что частная экспедиция принимает до известной степени правительственный характер.
Кто был фактическим руководителем экспедиции — Алексеев или Дежнев? На этот счет среди исследователей нет единого мнения. М.И. Белов, автор наиболее капитального труда, посвященного Семену Дежневу, весьма категорично считает главой экспедиции его, а не Холмогорца. По его мнению, Федот Алексеев, как самый богатый среди компаньонов-своеуженников, «очевидно, считался главным после Дежнева».
Эта точка зрения не нова и высказывалась многими предшественниками М.И. Белова не только в нынешнем, но и в прошлом веке. Так, например, В.А. Перевалов в своей книге «Русские мореплаватели», изданной Воениздатом в 1953 году, утверждает: «В экспедиции Дежнев как представитель государственной власти, сразу же занял руководящее положение. Свою задачу он видел в том, чтобы найти морской путь в неизведанные реки на востоке Сибири, в частности в реку Анадырь, привести, народности, живущие на берегах этих рек, в подданство Московского государства и обложить это население ясаком. Этим самым Дежнев брал на себя ответственность за успех экспедиции. Он по праву должен быть призван первым лицом в этом морском путешествии».
По существу, признает за Дежневым роль главы руководителя похода и писатель Сергей Марков, автор интересной книжки «Подвиг Семена Дежнева», издававшейся Географгизом в 1948 году. По мнению этого автора, Федот Алексеев ведал в походе лишь торговыми делами.
В.И. Греков, автор книги «Из истории русских географических исследований 1725–1765 гг.» (М., 1960), также считает главой экспедиции Семена Дежнева, а Федота Алексеева называет лишь его спутником. «В 1648 г. С.И. Дежнев проплыл на кочах от устья р. Колымы к устью р. Анадырь, доказав раздельность Азиатского и Американского материков Его спутник Федот Алексеев (Попов) был занесен на Камчатку.
