Председатель комитета Дегенкольб требовал, чтобы все руководство разработкой А-4 было поручено ему, и даже предлагал создать специальную «фирму» с подчинением министерству вооружения, которая полностью отвечала бы и за доводку проекта ракеты и за ее производство. Главнокомандование сухопутных войск всячески противилось этому, желая сохранить контроль «чудо-оружия» за собой и иметь его в своем распоряжении, когда оно будет готово, опасаясь, что в противном случае ракету Фау-2 передадут ВВС. Осенью 1943 г. положение еще более осложнилось.
Гиммлер, который с весны 1943 г. пристально следил за ходом разработки ракетного оружия, намеревался взять все дело производства и применения ракет в свои руки. Благодаря его стараниям в сентябре 1943 г. руководство строительством ракетных заводов было возложено на бригаденфюрера СС Каммлера. Последний сразу же повел атаку и на Дорнбергера, и на Дегенкольба, обвиняя их в некомпетентном руководстве делом и даже в саботаже. Это имело целью подчинить ведомству Гиммлера все, что касалось создания, производства и использования ракетного оружия. В свою очередь, генерал Фромм, начальник управления вооружения сухопутных войск и главнокомандующий армией резерва, в том же месяце назначил Дорнбергера ответственным (помимо разработки проекта Фау-2) за формирование и обучение ракетных подразделений. Отсутствие единого руководства, обстановка интриг, доносов, конкурентной борьбы еще более осложняла ход разработки и развертывания серийного производства ракетного оружия.
Наконец, запланированное производство ракет создавало большие трудности для химической промышленности Германии. Так, для ежемесячного производства 3 тыс. Фау-1 требовалось 2 тыс. т низкооктанового горючего и 4,5 тыс. т взрывчатых веществ. Производство 900 Фау-2 требовало 13 тыс. т жидкого кислорода, 4 тыс. т чистого спирта, 2 тыс. т метилового спирта, 500 т перекиси водорода и 1,5 тыс. т взрывчатых веществ. Это было не под силу предприятиям германской химической промышленности. За весь 1942 г. было произведено всего 26 тыс. т жидкого кислорода, а теперь требовалось увеличить производство в шесть раз (156 т). Немногим лучше обстояло дело и с производством других материалов, необходимых для ракет. Требовалось строить новые заводы.
Большой ущерб был нанесен полигону и экспериментальному заводу в Пенемюнде массированным налетом английской авиации 17 августа 1943 г.[8] Правда, англичанам не удалось полностью вывести из строя экспериментальный центр. Такие важнейшие объекты, как аэродинамическая труба, экспериментальная лаборатория, испытательные площадки и некоторые другие, остались неповрежденными. Тем не менее удар по Пенемюнде весьма обеспокоил командование вермахта и руководство военной промышленности. В августе 1943 г. было решено рассредоточить ракетный центр и реорганизовать систему производства ракетного оружия. Экспериментальная лаборатория была переведена в Кохель (40 км к югу от Мюнхена), где были построены аэродинамическая труба и мощная электростанция. Теоретические исследования велись в лаборатории, расположенной в Гармиш-Партенкирхене. Испытательный ракетный полигон для Фау-2 переводился в район Близны (Польша).
