13 апреля комиссия заслушала показания Шэфера — старшего брата двух старшин, погибших на «Трешере». Он заявил, что его братья «не были уверены» в том, что те, кто ремонтировали корабль, делали свою работу добросовестно. Шэфер указал, что его братьев беспокоила мысль, что с «Трешером» может что-то случиться. Это же подтвердил и сварщик судоверфи «Электрик боут» Мэйн. Затем перед комиссией выступил начальник отдела подводных лодок главного управления кораблестроения капитан 1 ранга Керн. Он указал, что на глубине 2560 метров корпус «Трешера» несомненно должен был целиком заполниться водой, отсеки разрушиться и корабль — разломиться, в результате чего некоторые предметы должны были всплыть на поверхность.
Затем комиссия и эксперты осмотрели предметы, подобранные в районе гибели «Трешера». Было установлено, что они не радиоактивны.
15 апреля комиссия заслушала командира «Скайларка» Хеккера. Он несколько иначе истолковал содержание последнего сообщения «Трешера». Хеккер утверждал, что с «Трешера» передали: «Испытываю незначительные трудности… Имею дифферент на корму… Пытаюсь продуть цистерны». Хеккер добавил, что сообщение передавал совершенно спокойный голос. Вскоре после этого он ясно услышал шум, который свидетельствовал, что подводная лодка продувала балластные цистерны. Одновременно Хеккер услышал голос, пытавшийся, казалось, сквозь шум стравливаемого воздуха передать что-то, но разобрать слова он не смог. Далее командир «Скайларка» доложил, что он не мог обозначить место последнего погружения «Трешера» по той причине, что длина имевшегося на корабле нейлонового троса не превышала 2200 метров.
На вопрос комиссии о замеченном со «Скайларка» неизвестном судне в районе поиска Хеккер доложил, что он видел судно и подходил к нему на дистанцию три мили, но, убедившись, что это не «Трешер», отошел и потому не знает, что это было за судно и куда оно ушло. В ходе расследования комиссия предъявила Хеккеру обвинение в том, что он своевременно не донес командованию ВМС содержание последнего сообщения «Трешера».
В ходе следствия многие задавали такие вопросы: «Почему Хеккер в течение полутора часов не сообщал о потере связи с подводной лодкой и не указал в своем донесении, что она передавала об испытываемых ею затруднениях?», «Что означают утверждения, что ремонтные работы на «Трешере» выполнялись недоброкачественно?», «Имело ли какое-либо отношение к гибели «Трешера» виденное «Скайларком» неизвестное судно?»
