Очередной серией испытаний предусматривалось определить степень физического воздействия подводных взрывов на корабль в целом и на изменение его шумности. Для решения второй задачи необходимо было произвести замеры шумности «Трешера» до испытаний, в ходе испытаний и после них. Испытания проводились в районе Ки-Веста в течение двух недель. После серии взрывов глубинных бомб на постепенно уменьшавшейся дистанции от лодки она возвращалась в Ки-Вест для замера шумности. «Трешер» подвергся серьезным испытаниям и имел повреждения, которые, однако, не повлияли на его боеспособность, — все они исправлялись силами экипажа.
4 июля «Трешер» снова направился в залив Тонг-оф-Ошен для замера шумности, чтобы выяснить, как подействовала двухнедельная «бомбежка» на степень шумности его механизмов, а также установить, не появились ли «скрипы и стоны», увеличивающие шумность лодки. Замеры показали, что корабль отлично выдержал испытания.
Выполнив программу испытаний, «Трешер» возвратился в Портсмут для прохождения ремонта. В ходе ремонтных работ в прочном корпусе лодки пришлось вырезать много горловин для подъема механизмов и монтажа новых трубопроводов, электропроводов и другого оборудования. Всего было выполнено 875 ремонтных операций. Проверка показала, что все эти операции, за исключением пяти несущественных, были выполнены вполне удовлетворительно. После монтажа поднятых механизмов горловины в корпусе лодки были заделаны, а качество сварки тщательно проверено рентгеном. Ремонтные работы продолжались девять месяцев. В январе 1963 года на «Трешер» прибыл его новый командир капитан-лейтенант Джон Харвей.
В 07.30 9 апреля 1963 года «Трешер» вышел из Портсмута. На лодке было 129 человек: 108 человек — экипаж и 21 — офицеры штаба подводных сил и представители заводов и фирм. Поскольку корпус «Трешера» рассчитан главным образом на плавание на большой скорости в подводном положении, в надводном положении его сильно раскачивало даже на сравнительно невысокой волне. В море «Трешер» провел серию испытаний в надводном положении с целью проверки работы навигационных приборов и средств связи. В 09.45 восточнее Бостона «Трешер» встретился со спасательным судном «Скайларк», которое должно было обеспечивать подводную лодку во время проведения ею глубоководных погружений. В задачу «Скайларка» входило поддерживать связь с берегом и в случае необходимости оказать «Трешеру» посильную помощь. Однако командир «Скайларка» не знал ни программы испытаний «Трешера», ни его основных тактико-технических данных: скорости хода, глубины погружения и дальности плавания. Единственное, что было известно командиру «Скайларка», — это возможности аппаратуры своего корабля по поддержанию гидроакустической телефонной связи с лодкой, находящейся в подводном положении. Первые пробные погружения на небольшую глубину «Трешер» совершил для проверки корпуса на течь и испытаний различного оборудования. Во время этих погружений между «Трешером» и «Скайларком» поддерживалась непрерывная телефонная связь. Известно, что качество и надежность этого вида связи зависит от температуры и плотности воды и расстояния между кораблями. С изменением этих величин часто наблюдаются отклонения и искажения звуковых волн.
