Примерно через десять часов после выхода из строя дизель-генератора к борту «Трешера» подошла «Кавэлла» для подачи на него электроэнергии. Вскоре реактор был пущен. В течение ночи дизель-генератор отремонтировали, и «Трешер» был готов к выходу в море. После стоянки в Сан Хуане «Трешер» вышел в море и направился к мысу Кеннеди. Проведя в этом районе дополнительные испытания, «Трешер» перешел к форту Лодердейл, где находится испытательная станция лаборатории морского оружия. Погрузив учебные ракето-торпеды «Саброк» и имея на борту специалистов по вооружению, «Трешер» вышел в море и провел практические стрельбы с целью проверки системы управления стрельбой и торпедных аппаратов. Перед рождеством «Трешер» вернулся в Портсмут.
Обычно вновь вступившие в строй атомные подводные лодки после двух-, трехмесячного плавания возвращаются на завод для тщательного осмотра и устранения обнаруженных технических неполадок. Но командир корабля Аксен настоял на том, чтобы такой осмотр был отложен на год. Он мотивировал это тем, что «Трешер» был слишком занят проведением специальных испытаний и это не позволило достаточно полно выявить тактико-технические данные корабля и недостатки его приборов и механизмов. Командование согласилось с предложением Аксена. В течение января на корабле были проведены только самые неотложные работы, а в начале февраля 1962 года он уже был готов к выходу в море для продолжения программы испытаний. «Трешер» существенно отличался от других подводных лодок, и, очевидно, поэтому каждый специалист стремился как можно более полно выявить возможности корабля в использовании тех или иных технических средств.
Следующий выход лодка совершила в район Нью-Лондона к месту расположения военно-морской лаборатории гидроакустической аппаратуры. Испытания гидроакустической аппаратуры длились почти три недели. Затем «Трешер» участвовал в ряде учений с дизель-аккумуляторными лодками «Кавэлла» и «Хардхед». В начале апреля «Трешер» вышел в море, имея на борту специальную группу из отдела исследований противолодочных операций, состоявшую из военно-морских и гражданских специалистов, наблюдавших за совместными противолодочными учениями «Трешера» и «Кавэллы». После этих учений «Трешер» принял на борт командира 2-й группы опытовых подводных лодок капитана 1 ранга Эндрюса и его штаб. На переходе в военно-морскую базу Чарльстон штаб Эндрюса проверил боевую готовность лодки. Из базы Чарльстон «Трешер» дважды выходил в море с представителями местной власти и корреспондентами. Из Чарльстона корабль перешел в Гротон. С 17 апреля по 18 мая «Трешер» находился на судоверфи фирмы «Электрик боут», где его готовили к испытаниям, в ходе которых предполагалось установить влияние подводной взрывной волны на приборы и оборудование, расположенные внутри корпуса. Эти испытания предполагалось провести в районе военно-морской базы Ки-Вест. На пути в Ки-Вест «Трешер» сделал две остановки: в Лодердейле и на мысе Кеннеди. В Лодердейле на лодку погрузили учебные противолодочные ракето-торпеды «Саброк», после чего были проведены стрельбы. Заход на мыс Кеннеди имел строго секретный характер. Однако посещение базы «Трешером» стало широко известным фактом. Дело в том, что во время швартовки «Трешера» к месту стоянки один из буксиров таранил его. Удар пришелся ниже ватерлинии в районе балластной цистерны левого борта, в которой образовалась пробоина размером в один метр. В результате поступления забортной воды корабль накренился на левый борт примерно на 2 градуса. Крен был выровнен заполнением балластной цистерны правого борта. Для ремонта «Трешеру» пришлось снова направиться в Гротон. Ремонт был произведен менее чем за сутки, и корабль снова вступил в строй.
