Согласно приказу высшего государственного руководства морское командование вынуждено было дать указание держать в строжайшей тайне потопление «Атении» немецкой подводной лодкой. Командующий подводными силами Дениц приказал изъять из журнала боевых действий «U–30» соответствующие записи и заменить их другими. Это было необходимо для того, чтобы при снятии с записей журнала обычных копий в количестве восьми экземпляров не вызывать разглашения и лишних разговоров. Хотя журналы боевых действий и относились к числу секретных, при занятиях с личным составом ознакомиться с записями могли многие. Поэтому легче всего было сохранить тайну, вообще уничтожив записи в журнале.
Понятно, что потопление парохода «Атения» было немедленно использовано противником. Лемп, принявший по досадному недоразумению пассажирский пароход за вспомогательное военное судно противника, приказом Деница был подвергнут аресту, хотя высшее морское командование, учитывая, что в основном этот проступок был вызван необычным поведением самого парохода, рекомендовало не судить за него слишком строго. Лемп погиб в 1941 году после ряда удачных боевых выходов, будучи командиром лодки «U–110».
Продолжая упорно оспаривать факт потопления «Атении» немецкой подводной лодкой, германское правительство зашло еще дальше. Министерство пропаганды, не поставив в известность морское командование, выдвинуло нелепое утверждение, будто бы потопление «Атении» было организовано по приказу первого лорда адмиралтейства Черчилля. Утверждалось, что на судно самими же англичанами была заранее подложена «адская» машина, с тем чтобы потом обвинить немцев в его гибели и одновременно оправдать свои действия на море, противоречащие международным конвенциям.
Другим важным последствием потопления «Атении», отразившимся на действиях немецкого подводного флота на протяжении всего первого периода подводной войны, являлся приказ, запрещавший впредь вообще топить пассажирские суда независимо от того, какому государству они принадлежат. Такие суда не разрешалось топить даже тогда, когда было ясно, что они используются противником в военных целях. Нельзя было атаковать и суда, которые следовали в составе конвоев. Более того, свобода действий подводных лодок дополнительно ограничивалась еще одним приказом. Не желая обострять отношений с Францией, правительство Германии категорически запретило атаковать французские суда. Чем являлись все эти приказы для подводников и как они связывали их действия, легко себе представить, если учесть, что в то время британская экспедиционная армия переправлялась на материк через Ла-Манш, где немецкие подводные лодки могли свободно действовать. Весьма осложняющим обстоятельством было и то, что в ночных условиях трудно было установить национальную принадлежность судна. Приказ в отношении французских судов был отменен лишь 24 ноября 1939 года, а запрещение атаковать пассажирские суда оставалось в силе вплоть до лета 1940 года.
