Реформы, прямо или косвенно вытекавшие из морской программы 1882 г., включали в себя организацию морского корпуса, начальник которого отвечал за боеготовность флота, создание нескольких специальных комитетов, основание новых или расширение существующих минных и машинных школ (а также школ водолазного дела, в котором у русских был большой опыт), составление новых и пересмотр старых корабельных и дисциплинарных уставов, а также других регламентирующих документов. Появился и новый план относительно командного состава, по которому надлежало сократить чрезмерно раздутый штат офицеров (на флоте, например, было 100 адмиралов, а по службе требовалось всего 55). Продвижение теперь предполагалось только в связи с вакансией или с непосредственным нахождением в море. (Последнее имело в Русско-японской войне негативные последствия, так как к 1904 году все адмиралы, имевшие опыт плавания в Дальневосточных водах, служили на береговых должностях в Европейской России. Их заменили офицеры, лишь только набиравшие опыт плавания. Та же ситуация сложилась и с офицерами нижнего звена. Так, командир минного заградителя «Енисея», подорвавшегося на собственной мине, был специалистом-взрывником, почти не имевшим плавательного стажа.)
Изменения коснулись и системы экипажей. Поскольку команды кораблей проводили большую часть времени на суше, их штаты были изменены в соответствии с жизнью в береговых казармах, а не на кораблях. Основной единицей являлся экипаж. Его ядро обычно составляла команда линкора или броненосного крейсера, но он мог включать и команды более мелких судов, насчитывая в итоге около тысячи человек. По реформе 1885 г. командиры кораблей должны были оставаться со своими людьми и в период их пребывания в экипаже.
Полная численность личного состава Императорского Русского флота (включая Черноморский) составляла в 1889 г. 23 634 человека. Сюда входили 11 полных адмиралов, 197 других высших офицеров, 546 строевых офицеров, 228 внештатных, 71 артиллерийский офицер, 246 штурманов, 231 инженер-механик, 105 судовых врачей, 118 интендантов, 24 судовых священника, 349 гардемаринов, 20 984 матроса и 524 вольнонаемных. В 1903 году в целях пополнения недостающего офицерского состава был расширен прием на флот курсантов, и личный состав флота вырос до 65 054 человек, что уже позволяло считать Россию второй морской державой, поскольку Франция в составе своих морских сил имела только 53 247 человек (Британия к этому времени имела 122 666
