В данном случае дон Альфонсо Каррильо де Акунья поступил чисто практически — он выбрал сторону более сильного и, как ему казалось, более перспективного. К тому же в 1474 году умер старый маркиз де Вильена и всё во враждующих кастильских группировках перемешалось (сын маркиза присоединился к Афонсу Португальскому). В этой ситуации архиепископ Толедский подумал, что сила явно находится на стороне Афонсу, Хуаны ла Бельтранеха и ее матери. Дальнейшие события покажут, что он серьезно ошибся.
Ход начавшейся войны выглядел следующим образом.
В июне 1475 года армия португальского короля Афонсу V и католической знати, боровшейся за восшествие на престол Хуаны ла Бельтранеха, подошла к кастильскому городу Торо, находившемуся в 60 километрах от границы. Город открыл им ворота, но стоящий на высокой горе замок отчаянно сопротивлялся. 16 июля португальский король занял соседнюю Самору, сданную ему сторонниками Хуаны ла Бельтранеха. Изабелла с Фердинандом вышли на помощь осажденным в замке из Вальядолида и подошли к Торо 23 июля, но противник не принял боя в открытом поле, укрылся за мощными стенами, и их армии пришлось отступить. Замок в Торо, не дождавшись помощи, сдался в конце июля.
В начале августа Фердинанд отправился осаждать крепость Бургос, находившуюся в руках сторонников Афонсу Португальского и Хуаны ла Бельтранеха. Португальский король двинулся на помощь осажденным в начале сентября. Обойдя Куэльяр, он подошел к Пеньяфьелю, который находился во власти его союзников. 18 сентября у Бальтанаса Афонсу разбил сторонников Изабеллы.
Положение стало отчаянным. Однако, хотя Изабелла и была вновь беременной, она поскакала от одного города к другому, чтобы вербовать солдат (так, кстати, она и потеряла этого ребенка). Фердинанд сделал то же самое. Они расплавили ценности, собранные в церквях и монастырях, чтобы раздобыть необходимые суммы для сбора настоящей армии.
Тем временем Афонсу V Португальский принял решение не продолжать движение к Бургосу, а возвращаться в Самору, куда он и прибыл в октябре.
В ноябре Афонсу взял крепость Канталяпьедра. В конце этого месяца Фердинанд двинулся к Саморе, где произошло восстание против захватчиков; восставшие открыли ворота Фердинанду, и он вошел в Самору 5 декабря 1475 года, однако замок Саморы остался во власти португальцев.
Восемнадцатого января 1476 года Изабелла двинулась от Вальядолида к Бургосу, который сдался 28 января, и 10 февраля королева вернулась в Вальядолид.
