Аналогичные мероприятия проводились и в других округах. Например, 44-й ао из-за многочисленных поломок практически потерял боеспособность, но мастерские авиасклада № 7 самостоятельно, по оригинальной схеме, модернизировали девять Р-3ЛД, обеспечив их дальнейшую безотказную службу.
Конечно, как у всякой новой машины, у Р-3ЛД хватало и других недостатков. В ноябре 1929 г. УВВС собрало в частях, эксплуатировавших новый разведчик, отзывы о нем. Они имели, в основном, вид длинных перечней конструктивных и технологических дефектов нового самолета – до 25-30 пунктов. В частности, отмечалось несовершенство крепления главного бензобака (он раскачивался на лентах, как на качелях) и радиатора, течи кранов и помп, теснота кабины летнаба, слабость узлов крепления моторамы. В Средней Азии и Закавказье выявилась также недостаточная для условий юга мощность системы охлаждения: летом вода в радиаторе почти закипала. Существовала и специфика освоения Р-3 летным составом – самолет Туполева куда резче реагировал на движения рулей, чем инертный Р-1.
Часть нареканий была учтена в Р-3ЛД выпуска 1929 г.: с самолета № 4024 ввели усиление наиболее опасных шпангоутов распорками, с № 4067 – двойное усиление (т.н. «схема ЦАГИ»), Внесли изменения в бензосистему. Для юга АГОС начал разрабатывать дополнительный «тропический» радиатор. Подобную же конструкцию самостоятельно создали в Среднеазиатском округе. В ходе серийного производства внесли еще несколько изменений, из которых внешне было заметно только одно: с машины № 4050 на ПВ-1 перестали одевать обтекатель, что практически не ухудшило аэродинамики довольно тихоходного самолета, но упростило обслуживание вооружения. По мере отработки технологии, несмотря на постоянный рост веса (за счет усилений конструкции) характеристики Р-3ЛД столь же неуклонно повышались. В первую очередь росли скороподъемность и потолок, а также улучшались показатели маневренности. Если самолет № 4048 поднимался на 3000 м за 16,28 мин. и имел практический потолок 4970 м, то машина № 4101 (выпущенная примерно на полгода позже) соответственно показывает 14,73 мин. и 5100 м
На октябрь 1929 г. приходится пик численности Р-3 в ВВС РККА: 93 3 -ЗЛД и 19 Р-3М5 Это соответствовало плановым показателям – на эту дату предполагалось иметь в общей сложности 112 Р-3. Но удельный вес разведчиков Туполева в ВВС был не велик – на ту же дату в строю числилось более 1300 Р-1. Хотя имелись планы модернизации Р-3, в частности, замена «Льюисов» пулеметами ЦА-2, в конце 1929 г. машину, как и предполагалось по планам УВВС, сняли с производства.
