Протопопов-Медер хорошо знал, что основной целью организации «Самостийные казаки» являлось захват и создание самостоятельного государства на территории Дона и Кубани, принадлежащей Советскому Союзу.
Для достижения указанной цели проводилось вовлечение в состав организации казаков, которые путем агитации и пропаганды воспитывались в антисоветском духе, готовились к активной борьбе против Советского Союза, как результат была сформирована сотня. Протопопов-Медер был лично знаком и поддерживал дружеские отношения с руководителем организации «Самостийные казаки» инженером Поляковым, который неоднократно благодарил его за оказываемую помощь в обучении военному делу участников организации.
Пользуясь доверием Полякова и у немецкого командования, Протопопов-Медер был назначен майором Лихтенекером обучать военной подготовке состав сотни «Самостийных казаков» с начала ее формирования.
По окончании военного обучения состава сотни в апреле 1943 г. Протопопов-Медер был назначен ее командиром и продолжал службу в 1-м казачьем полку русского охранного корпуса.
В сентябре 1944 г. Протопопов-Медер штабом добровольческих войск в Германии генерала Кессельринга был назначен офицером для поручений к известному своими зверствами в России белогвардейскому генералу Шкуро, который у немцев служил начальником казачьего резерва, формировал части для немецкой армии, а Протопопов-Медер выполнял его поручения.
В начале 1945 г. Протопопов-Медер перешел на службу в войска СС, имел полномочия главного штаба СС на формирование офицерской части, производил отбор офицеров в 5-м запасном полку и сопровождал их в группу войск генерала Доманова, где проводил военное обучение личного состава офицерского эскадрона до момента капитуляции вооруженных сил Германии.
За активную помощь Германии в борьбе против Советского Союза штабом добровольческих войск генерала Кессельринга в сентябре 1944 г. ему было присвоено звание «майор немецкой армии».
В предъявленном обвинении Протопопов-Медер виновным себя не признал, но существом показаний подтвердил службу в немецкой армии, подготовку кадров для последней, как то: участников контрреволюционной организации «Самостийные казаки», офицеров, находящихся в резерве при группе войск генерала Доманова, службу в штабе начальника казачьего резерва белоэмигранта Шкуро, являлся офицером для поручений у последнего.
В совершении преступлений Протопопов-Медер изобличается показаниями свидетелей: Чегодаева-Саконского Николая Александровича и Березлева Ивана Георгиевича.
