На вопрос следователя о практической деятельности организации «Самостийные казаки» Березлев ответил, что, судя по газетным и журнальным публикациям, основной задачей этой организации являлось образование самостоятельного казачьего государства в районе Дона и Кубани путем свержения вооруженным путем существующего в России строя. Оживившись, следователь задал еще один вопрос, не была ли организация «Самостийные казаки» связана с немецкими разведывательными органами. Березлев ответил, что об этом ничего не знает. Но следователь остался доволен: преступления Алексея Протопопова-Медера доказаны окончательно и бесповоротно.
Следствие было закончено 30 августа 1946 г., когда начальник Управления МВД по Новосибирской области комиссар милиции 3 ранга (генерал-майор) Шаров утвердил обвинительное заключение по обвинению Протопопова-Медера Алексея Михайловича в преступлении, предусмотренном статьей 58-3 УК РСФСР:
«10 июля 1946 г, Управлением МВД по Новосибирской области был арестован бывший майор немецкой армии Протопопов-Медер Алексей Михайлович за оказание помощи Германии в период войны против Советского Союза.
Произведенным по делу расследованием
УСТАНОВЛЕНО:
Протопопов родился и жил в России до июня 1917 г. Находясь на военной службе в русской армии писарем роты и переводчиком русского языка, в 16 стрелковом полку 18 июня 1917 г. в районе города Черновцы был пленен австрийскими войсками. Не желая возвратиться на родину, в 1918 г. принял австрийское подданство и получил документы на имя Протопопов-Медер.
В ходе военных действий Германии против Советского Союза Протопопов-Медер в начале декабря 1941 года поступил на службу в немецкую армию. С этой целью вместо выезда в город Лютомер, где состоял на военном учете и получил извещение о призыве, явился в штаб оккупационных немецких войск в городе Белграде.
Начальник штаба оккупационных войск полковник Кевиш, установив знание Протопоповым-Медером русского, сербского, немецкого и словенского языков, направил последнего в распоряжение майора Клесс, служившего в то время начальником немецкого штаба при русской охранной дружине. В названном войсковом соединении до ноября 1942 г. Протопопов-Медер служил представителем немецкого командования, наблюдающим за интендантской службой.
В декабре 1942 г. руководство контрреволюционной организации «Самостийные казаки» в Белграде приступило к формированию из участников названной организации отдельной воинской части — сотни. В формировании сотни Протопопов-Медер принимал активное участие
