Как получивший в России квалификацию техника пути железнодорожного транспорта получил работу в городе Марбурге. Когда эта территория отошла к Югославии, был призван в югославскую армию и получил чин подпоручика запаса. Далее был переведен в город Любляна, где совмещал работу с учебой в университете. Университет закончил в 1925 году, получил назначение в город Субботице, а с 1934 года — в город Новый Сад. Работал там до апреля 1941 года, до нападения Германии на Югославию. По приказу своего начальника, полковника Михайлова, после отхода югославских частей подорвал пути и сооружения на участке Будапешт — Белград. За это был арестован венгерскими властями, но бежал в Хорватию. Содержался два-три месяца в концлагере близ Марбурга, но в связи с присоединением Словении к Австрии был из лагеря освобожден. Работал на железной дороге, а в ноябре 1941 года был призван в немецкую армию и направлен в распоряжение штаба формирования Русского охранного корпуса как владеющий русским, словенским и немецким языками. При этом Протопопову был сохранен чин майора, полученный на югославской службе. В декабре 1943 года Алексей Михайлович был направлен для прохождения службы в 1-й запасной казачий полк, находившийся в городе Лознице.
Далее Протопопов показал, что в сентябре 1944 года генерал-инспектор добровольческих войск генерал от кавалерии Кестринг (Протопопов назвал его Кессельрингом) назначил его офицером для поручений при начальнике казачьего резерва генерале Шкуро. В декабре того же года Протопопов был признан негодным к военной службе и уволен в запас, но уже в январе 1945 года в связи с тотальной мобилизацией снова был призван в армию и назначен в Цветль инструктором по строевой подготовке в офицерский резерв Казачьего стана, командиром которого был генерал Доманов.
В первых числах мая 1945 года Протопопов выехал с семьей в австрийский город Патриахсдорф, а узнав об окончании войны, явился в Юденбург, чтобы отдать себя в руки советского командования. Так, по крайней мере, записал в протоколе допроса майор Герасимов.
Но показания Алексея Протопопова-Медера не устраивали СМЕРШ. Внутрилагерная агентура, завербованная из людей, не без оснований опасавшихся за свою судьбу, сообщала о Протопопове такое, что руководители СМЕРШа потирали руки, предвидя крупное судилище над злейшим врагом советской власти. Они были учениками главного идеолога сталинской юриспруденции Андрея Вышинского, который утверждал, что самое главное в судебном процессе — это признательные показания обвиняемого. Однако все то, что сам о себе сообщил Протопопов-Медер, не давало возможности предъявить ему серьезные обвинения.
