Следствие по делу Алексея Протопопова-Медера началось в то время, когда первая волна действительных и мнимых преступников из числа военнопленных уже была выявлена и осуждена. Арестантский телеграф разнес по лагерным баракам вести о том, кого допрашивали, как допрашивали и какие сведения хотели получить. Стало известно и о том, по каким статьям уголовного кодекса предъявлялись обвинения, и какие приговоры были вынесены.
Отмечалось, что наиболее сурово власти относились к тем, кто совершал военные преступления или, по крайней мере, подозревался в них, а также к тем, кто в прошлом имел советское или русское подданство. Предпочтительные шансы на смягчение участи могли получить те, кто издавна имели какое-либо иностранное подданство и могли доказать, что были призваны в немецкую армию.
Насмотревшийся и наслышавшийся всякого за год пребывания в плену Алексей Протопопов, у которого в Австрии оставались жена и трое сыновей, понял, что единственный выход из создавшегося положения заключается в том, чтобы любым способом доказать свое давнее германское подданство. Именно германское, на худой случай — австрийское. Любое другое подданство могло повлечь за собой обвинение в добровольном сотрудничестве с немецким фашизмом[28].
В июля 1946 года был допрошен майор немецкой армии (так значилось в протоколе допроса) князь Николай Чегодаев-Саконский, показавший, что знает Протопопова с 1942 года и рассказавший о некоторых обстоятельствах его жизни. Намеренно или нет, но князь Чегодаев-Саконский оказал Алексею Протопопову добрую услугу, сообщив следователю Герасимову, что, находясь в лагере, Протопопов объявил себя немецким подданным и что его подлинная фамилия — Протопопов-Медер.
Все допросы Алексея Протопопова проводились в Кемеровской тюрьме № 1, где содержались также князь Чегодаев-Саконский и многие другие сослуживцы Протопопова.
На первом допросе, состоявшемся 5 июля, майор Герасимов, представившийся из соображений конспирации просто сотрудником Управления МВД по Новосибирской области, задал опасный вопрос: когда и при каких обстоятельствах Протопопов эмигрировал за границу. От правильного ответа на этот вопрос зависело многое, можно было, например, избежать обвинений в измене родине или в оказании помощи мировой буржуазии.
Протопопов объяснил, что он не эмигрировал, а был взят в плен австрийскими войсками 18 июля 1917 года под Черновцами, что служил он писарем и переводчиком в чине унтер-офицера в 16-м стрелковом полку 4-й стрелковой дивизии. Был освобожден из плена в связи с формированием из пленных «украинских частей» для гетмана Скоропадского, но избежал мобилизации по причине ранения. Нашел в Австрии родственников своей матери, Ксении Михайловны фон Медер, и с согласия посла Украины в Австрии получил в 1918 году австрийское гражданство.
