Результаты исследований он обобщает в своих первых трудах: "Орнитологическая фауна Оренбургского края" (написана в 1884, опубликована Академией наук в 1888 году), "Заметки по фауне млекопитающих Оренбургского края", "Материалы для фауны амфибий и рептилий Оренбургского края", В 1897 году Н. А. Зарудный публикует "Дополнения к "Орнитологической фауне Оренбургского края".
В 1885–1892 годах, продолжая службу в Оренбурге^ Н. А. Зарудный совершает 5 экспедиций по Закаспийской области (ныне Туркменистан).
В 1892–1906 годах Зарудный преподавал естествознание в кадетском корпусе в городе Пскове. В этот период он совершает 4 путешествия по Восточной, Центральной и Западной Персии, принесшие ему мировую известность.
С 1906 года и до конца своей жизни Н. А. Зарудный жил в Ташкенте, продолжая изучение животного мира гор и равнин Средней Азии. В 1910–1911 годах он совершает плавания по Амударье и Сырдарье, в 1912 году изучает Кызылкумы, в 1914 — обследует восточную часть Аральского моря.
Изучению природы и всемерному расширению знаний о ней ученый посвятил всю свою жизнь. "Уже усталость сказывается: дает себя знать прожитое полустолетие и тяжелая педагогическая служба", — писал Н. А. Зарудный в 1910 году, — сказываются путешествия, экскурсии и охоты, из которых одни были совершены при маловозможных условиях ослепительного солнца, палящего зноя и сверкающих солончаков, а другие — на горных высотах, где порою среди снегов, льдов, туманов и грандиозных скал с болью билось сердце, кружилась голова, темнело в глазах и подкашивались ноги. Сказываются те восторги, которые я переживал, когда под моими пулями падали звери, когда удачно охотился по дудакам, гусям и лебедям, когда находил что-нибудь любопытное…"(4).
Умер Н. А. Зарудный 17 марта 1919 года в Ташкенте. Произошло это внезапно — в музее он случайно выпил отравленную жидкость и через три часа скончался.
Основной материал для первой своей книги "Орнитологическая фауна Оренбургского края" Зарудный собрал в период с 1880 по 1884 год.
Орнитологические экскурсии и экспедиции Зарудного по приуральским степям начались с изучения окрестностей Оренбурга. Весной 1880 года ему удалось побывать в Чебеньках на реке Сакмаре, а осенью на Общем Сырте в верховьях реки Самары у горы Медвежий Лоб.
В конце мая 1880 года Зарудный выехал в свою первую летнюю экспедицию. Его маршрут проходил через Урало-Илекский водораздел на Соль-Илецк и далее до станицы Буранной. Из Буранной Зарудный отправился "верст на 100" вверх по реке Большой Хобде (современная Актюбинская область), в начале августа вернулся в Оренбург по маршруту Буранная — низовья реки Илек — Илецкий городок (ниже с. Илек) — по долине Урала до Оренбурга.
